HPV整合结构的时空异质性驱动口咽癌的致癌特征

内容形式：摘要译文

人乳头瘤病毒阳性口咽鳞状细胞癌（HPV+ OPSCC）中病毒整合十分常见，但其结构特征及临床意义仍不明确。我们将197例HPV+ OPSCC的靶向捕获测序与17例肿瘤及模型的长读长纳米孔测序相结合，以表征HPV-宿主重排。我们开发了一种新型定量信息学框架，将整合结构分为Type1（简单型，单拷贝或低拷贝）和Type2（簇集型，高拷贝，伴重排）。83%的肿瘤发生了HPV整合，反复出现的热点包括TP63、MYC、CD274、TRAF2和KMT2C。Type2事件更常伴有HPV E2基因破坏、人基因组局灶性扩增、优先转录，以及非经典HPV-宿主RNA融合异构体。Type2肿瘤表现出更高的HPV致癌基因表达，并激活MYC、NF-{kappa}B/TNF、PI3K-AKT-mTOR、Hippo/YAP-TAZ及上皮干性程序。多区域和纵向分析揭示了肿瘤内异质性，以及疾病进展过程中Type2结构的克隆选择，提示整合结构有望成为评估侵袭性行为和进行风险分层的标志物。

关键词：HPV整合 · 口咽鳞状细胞癌 · 肿瘤内异质性 · 长读长测序 · 病毒-宿主重排 · 风险分层

原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.10.03.756294v1?rss=1