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全球 CTX-M 大流行被认为是由质粒驱动的现象，但在多种环境中均有 blaCTX-M 染色体整合的报道。我们筛查了 451,174 个公开可用的 E. coli 基因组，并纳入 2,269 个 CTX-M-E. coli 长读长或混合组装基因组进行分析，发现其中 33.5% 至少携带一个染色体整合的 blaCTX-M。染色体整合与 E. coli 谱系及 CTX-M 变体密切相关，在 ST38 中比例高达 68.5%，在 ST131 中为 43.9%。在 ST131 中，整合率在不同亚支间存在差异；模型分析提示，ST131-C2 亚支内的整合近期有所加速。blaCTX-M 常与其他耐药基因共同整合（33%），其基因结构大多沿袭自质粒携带的结构。整合主要由 ISEcp1 或 IS26 介导（分别占 77.3% 和 18.9%），且分布于 E. coli 染色体的全长范围内，没有明显未受累区域。blaCTX-M 染色体整合是 CTX-M 大流行中广泛存在且具有谱系结构特征的组成部分；它提供稳定的垂直遗传方式，可补充、甚至取代质粒介导的传播，推动成功的产超广谱 β-内酰胺酶（ESBL）E. coli 克隆传播。
blaCTX-M的染色体整合通过谱系结构化扩增重新定义了大肠杆菌抗生素耐药性的演化轨迹 | bioRxiv
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Laurence Armand-Lefevre
doi：
https://doi.org/10.64898/2026.10.07.757360
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通讯作者：
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全球 CTX-M 大流行被认为是由质粒驱动的现象，但在不同环境中均有染色体整合的 blaCTX-M 报道。我们筛查了 451,174 个公开可用的大肠埃希菌（E. coli）基因组，并保留了 2,269 个携带 CTX-M 的大肠埃希菌长读长或混合组装基因组，发现其中 33.5% 至少携带一个染色体整合的 blaCTX-M。染色体整合与大肠埃希菌谱系及 CTX-M 变异型密切相关，在 ST38 中达到 68.5%，在 ST131 中达到 43.9%。在 ST131 中，不同亚克隆的整合率存在差异；建模结果提示，ST131-C2 亚克隆内的整合近期有所加速。其他耐药基因常与 blaCTX-M 共同整合（33%），且其结构大多沿袭质粒携带的结构。整合主要由 ISEcp1 或 IS26 介导（分别占 77.3% 和 18.9%），并分布于大肠埃希菌染色体的全长范围内，没有明显未受影响的区域。blaCTX-M 染色体整合是 CTX-M 大流行中广泛存在且具有谱系结构特征的组成部分，可实现稳定的垂直遗传传递，在成功扩增的产超广谱 β-内酰胺酶大肠埃希菌克隆中，补充质粒介导的传播，甚至可能取而代之。
利益冲突声明
作者声明不存在利益冲突。
脚注
https://doi.org/10.5281/zenodo.20934804
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发布于 2026 年 10 月 08 日
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Maxime Danjean、Thibaut Morel-Journel、Valentine Berti、Yasmine Benhadid-Brahmi、Signara Gueye、Houefa Christelle Lougbegnon、Herve Jacquier、Erick Denamur、Stephane Bonacorsi、Patricia Siguier、Francois Cornet、Manuel Campos、Marie Petitjean、Andre Birgy、Laurence Armand-Lefevre
bioRxiv
2026.10.07.757360
doi：https://doi.org/10.64898/2026.10.07.757360
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blaCTX-M 的染色体整合通过谱系结构化扩增，重塑大肠杆菌抗生素耐药性的演化轨迹
Maxime Danjean、Thibaut Morel-Journel、Valentine Berti、Yasmine Benhadid-Brahmi、Signara Gueye、Houefa Christelle Lougbegnon、Herve Jacquier、Erick Denamur、Stephane Bonacorsi、
Patricia Siguier、Francois Cornet、Manuel Campos、Marie Petitjean、Andre Birgy、Laurence Armand-Lefevre
bioRxiv
2026.10.07.757360
doi: https://doi.org/10.64898/2026.10.07.757360
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关键词：blaCTX-M · 大肠杆菌 · 染色体整合 · 抗生素耐药性 · 谱系演化
原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.10.07.757360v1?rss=1