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设计型结合蛋白通常依据预测的界面置信度进行筛选；该指标反映模型对界面位置的预测是否自洽，而不反映界面实际位于何处。我们针对 survivin 的 BIR 结构域沟槽设计了 200 个纳米抗体环区，对其中 196 个进行了协同折叠，并逐一检查了每个预测复合物中的表位接触。置信度与表位结合未显示可检测的关联（{rho} = +0.100，95% CI -0.04 至 +0.24，n = 196）；置信度最高和最低的四分位组表现同样不佳（优势比 0.97，95% CI 0.41 至 2.26）。相反，置信度与该轮运行中的其他置信度估计相关（{rho} = +0.61）。采用 12 个随机种子的重复实验区分出了两个按既定标准无法区分的候选者：其中一个在 12 次运行中的 10 次到达了完整表位，另一个则一次也没有。对 155 个预测结果进行分析发现，排名最高的模型并不优于从其五个模型中随机抽取的一个（P = 0.610），尽管 31 个候选者中仅有 3 个在所有模型中均未能结合。我们未进行任何实验检测；nb_cand_057 仅为一个计算机模拟候选者。
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以界面置信度作为针对 survivin 的 BIR 结构域沟槽进行计算纳米抗体设计的筛选标准
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Charlotte Gately、Xinyao Guan、Xianting Ding
doi:
https://doi.org/10.64898/2026.10.04.753929
Charlotte Gately¹
中国上海，上海交通大学医学院及生物医学工程学院新华医院麻醉与重症医学科；美国俄亥俄州克利夫兰，凯斯西储大学文理学院
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Xinyao Guan²
中国上海，上海交通大学医学院及生物医学工程学院新华医院麻醉与重症医学科
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Xianting Ding³
中国上海，上海交通大学医学院及生物医学工程学院新华医院麻醉与重症医学科；中国上海，复旦大学附属中山医院检验科
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通讯作者：
dingxianting{at}sjtu.edu.cn
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摘要
设计的结合蛋白通常会根据预测的…过滤筛选
界面置信度衡量的是模型对界面位置判断的一致程度，而非界面实际位于何处。我们针对 survivin 的 BIR 结构域沟槽设计了 200 个纳米抗体环，完成了其中 196 个的共折叠，并检查了每个预测复合物中的表位接触。界面置信度与表位结合未见可检测的关联（ρ = +0.100，95% CI −0.04 至 +0.24，n = 196）；置信度最高和最低的四分位组表现同样不佳（优势比 0.97，95% CI 0.41 至 2.26）。相反，该指标与本次运行中的其他置信度估计相关（ρ = +0.61）。采用 12 个随机种子进行重复预测后，两个原先无法依据筛选标准区分的候选者显现差异：其中一个在 12 次运行中的 10 次完整命中表位，另一个则一次也未命中。在 155 个预测中，排名第一的模型并不优于从其五个模型中随机抽取的模型（P = 0.610），不过，31 个候选者中仅有 3 个在所有模型中均未命中。本文未进行任何实验检测；nb_cand_057 仅为计算机模拟筛选出的候选者。
利益冲突声明
作者声明不存在利益冲突。
脚注
https://doi.org/10.5281/zenodo.23131327
版权
本预印本的版权归作者/资助方所有；其已授予 bioRxiv 永久展示本预印本的许可。
本内容依据 CC-BY 4.0 国际许可协议提供。
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发布于 2026 年 10 月 11 日。
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以界面置信度作为计算纳米抗体设计的筛选标准：靶向存活素 BIR 结构域沟槽
Charlotte Gately、Xinyao Guan、Xianting Ding
bioRxiv
2026.10.04.753929；
doi：https://doi.org/10.64898/2026.10.04.753929
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以界面置信度作为计算纳米抗体设计的筛选标准：靶向存活素 BIR 结构域沟槽
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2026.10.04.753929；
doi：https://doi.org/10.64898/2026.10.04.753929
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关键词：纳米抗体设计 · 蛋白质结构预测 · 界面置信度 · 表位识别 · 计算基准评估
原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.10.04.753929v1?rss=1