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精确鉴定依赖于高分辨率的分类。因此，基于全基因组的菌株分型方案已被用于鉴定最重要的人类微生物病原体。然而，对于大多数感染人类、动物和植物的原核病原体以及非致病微生物，目前尚无专门的分型方案，其鉴定往往只能依赖以物种为最小单位的分类工具。为弥补这一不足，我们创建了 genomeRxiv 网络服务器。该服务器收录了超过 350,000 个基因组，并采用基于平均核苷酸一致性（ANI）的生命标识编号（LIN）方法，使用户能够实时鉴定原核生物基因组，分辨率范围从大致属级到接近菌株水平。LIN 与物种及种下类别的界定相结合，将分类学与菌株分型整合起来。通过元数据和距离树的可视化，将流行病学和生态学信息与推断的系统发育关系相结合。此外，我们还提供了命令行工具，供用户上传未发表基因组的 k-mer 草图及相关元数据，从而在无需共享完整 DNA 序列的情况下开展流行病学调查。总之，genomeRxiv 为众多未纳入任何病原体特异性分型方案的原核生物提供了亟需的精确、快速鉴定资源。
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精确鉴定依赖于高分辨率的分类。因此，针对最重要的人类微生物病原体，已建立基于全基因组的菌株分型方案，以实现其鉴定。然而，对于大多数人类、动物和植物的原核病原体，以及非致病微生物，目前尚无专门的分型方案，这往往使其鉴定局限于以物种为最小单位的分类学工具。为弥补这一不足，我们创建了 genomeRxiv 网络服务器。该服务器收录了超过 350,000 个基因组，并采用基于平均核苷酸一致性（ANI）的生命识别编号（LIN）方法，使用户能够以约属级至接近菌株水平的分辨率，实时鉴定原核生物基因组。LIN 编号叠加了物种及种下类别的界定范围，将分类学与菌株分型相结合。通过元数据和距离树的可视化，将流行病学和生态学信息与推断的系统发育关系相结合。此外，还提供了命令行工具，供用户上传未发表基因组的 k-mer 草图及相关元数据，从而无需共享完整的 DNA 序列即可开展流行病学调查。总之，genomeRxiv 为精确、快速鉴定众多
未纳入任何病原体特异性分型方案的原核生物。
利益冲突声明
Life Identification Number 和 LIN 是 This Genomic Life Inc. 的注册商标。L.S.H. 和 B.A.V. 根据弗吉尼亚理工大学的政策和程序以及其作为研究人员的伦理义务声明，他们在 This Genomic Life Inc. 拥有经济利益，而该利益可能受到本稿件所报告研究的影响。他们已向弗吉尼亚理工大学充分披露这些利益，并已制定获批的管理计划，以管理由此关系产生的任何潜在利益冲突。
脚注
https://code.vt.edu/linbaseproject/brooklin
https://code.vt.edu/linbaseproject/LINflow
已声明的资助方信息
美国国家科学基金会
，DBI-2018522
英国生物技术与生物科学研究理事会
，BB/V010417/1
版权
本预印本的版权持有人为作者／资助方，其已授予 bioRxiv 永久展示该预印本的许可。
本预印本依据
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2026.10.09.757156;
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2026.10.09.757156;
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https://doi.org/10.64898/2026.10.09.757156
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关键词：原核生物基因组鉴定 · 菌株分型 · 平均核苷酸一致性 · 生命标识编号 · 基因组分类学 · k-mer草图
原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.10.09.757156v1?rss=1