SPARK：一种用于重建肺腺癌转录组状态组织结构的系统级计算框架

内容形式：摘要译文

肺腺癌（LUAD）具有显著的分子异质性，这使肿瘤分层更加复杂，也限制了以突变为中心的模型捕捉肿瘤行为和预测患者结局的能力。本研究探讨协同转录组程序能否从系统层面表征肿瘤状态。研究分析了 TCGA-LUAD 队列的整体 RNA 测序数据，并采用稳定性优化网络框架（SPARK）重建通路层面的转录组组织结构。分析鉴定出八个转录组模块，代表肿瘤中活跃的协同生物过程。随后，研究基于模块活性评分，通过弹性网 Cox 比例风险模型构建综合转录组风险评分。该风险评分在发现队列中与总生存期显著相关，且相较于临床变量提高了预后判别能力。在 CPTAC-LUAD 队列中的独立评估证实了这一预后信号，并显示其在不同患者群体中仍能有效进行风险分层。对模块活性进行无监督聚类后，研究进一步识别出三个转录组患者群体；这些群体具有不同的生物学程序、基因组改变模式和生存结局。单细胞分析还表明，所鉴定的转录组模块反映了肿瘤—免疫—基质生态系统在不同细胞区室中的协同组织。综上，这些发现表明，LUAD 异质性可归纳为具有可量化临床意义的协同转录组程序，从而为表征肿瘤分子状态提供系统层面的框架。

关键词：肺腺癌 · 转录组模块 · 肿瘤异质性 · 预后风险评分 · 单细胞转录组

原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.06.08.730929v1?rss=1