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目的：抗微生物药物耐药性（AMR）使复发性尿路感染（rUTI）日益复杂化，然而，鲜有研究在不同治疗状态下同时考察尿液微生物组失调与分离株水平的耐药性及毒力。本研究在rUTI患者和健康对照者的同一样本中对这两方面进行了表征。方法：本横断面队列研究在印度南部的四个中心采集了未经治疗、已接受治疗及接受预防性用药的女性rUTI患者和年龄匹配的健康对照者的中段尿。在采集的80份样本中，75份接受了16S rRNA V3–V4区测序分析（健康对照组26份、未治疗组20份、已治疗组20份、预防性用药组9份）。此外，对来自同批样本的105株可培养分离株进行了鉴定、抗微生物药物敏感性检测（VITEK 2）及毒力表型检测。结果：各rUTI组的α多样性约为健康对照组的一半（Shannon指数中位数为1.07–1.18，而对照组为2.17；Kruskal–Wallis检验p = 0.041）。各rUTI亚组的群落结构均与健康对照组存在差异（PERMANOVA R² = 0.091，p = 0.004；两两比较FDR = 0.008），但各亚组之间无差异。乳杆菌属的平均相对丰度从健康对照组的29.2%降至各rUTI组的≤13.2%，而埃希菌属–志贺菌属的平均相对丰度则从7.2%升至25.0%–43.0%。以健康对照组为参照计算的菌群失调z评分在所有rUTI组中均升高（群落距离：FDR ≤ 0.003；尿路致病菌与乳杆菌属比值指数：已治疗组和预防性用药组的FDR均< 0.001）。在分离株中，大肠埃希菌占比最高（35/105；其中16/35，即45.7%为多重耐药菌），其次为克雷伯菌属（32%为多重耐药菌）；对碳青霉烯类药物总体上仍保持敏感，且多重耐药大肠埃希菌同时具有更多毒力特征。结论：rUTI与一种稳定的菌群失调状态相关，该状态治疗未能使其恢复，表现为乳杆菌属的丧失、尿路病原菌占据优势，以及兼具多重耐药性并共同累积毒力特征的可培养菌储库。综合分析菌群及其分离株，可能有助于制定兼顾微生物组保护与耐药性的复发性尿路感染（rUTI）管理策略。
复发性尿路感染探究：配对微生物群分析与基于培养的特征分析揭示稳定的菌群失调及多重耐药、毒力富集的尿路病原体 | bioRxiv
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目的：抗微生物药物耐药性（AMR）使复发性尿路感染（rUTI）的诊治日益复杂，然而，很少有研究在不同治疗状态下同时考察尿液微生物群失调与分离株层面的耐药性及毒力。本研究在 rUTI 患者和健康对照者的同一份样本中对这两方面进行了表征。
方法：本横断面队列研究在印度南部的四个中心采集了未经治疗、接受治疗及接受预防性治疗的女性 rUTI 患者和年龄匹配健康对照者的中段尿。共采集80份样本，其中75份（健康对照组26份、未治疗组20份、治疗组20份、预防性治疗组9份）接受了16S rRNA V3–V4区测序。此外，对同一批样本中获得的105株可培养分离株进行了鉴定、抗微生物药物敏感性检测（VITEK 2）及毒力表型检测。
结果：rUTI 各组的α多样性约为健康对照组的一半（Shannon 指数中位数为1.07–1.18，而健康对照组为2.17；Kruskal–Wallis 检验 p = 0.041）。每个 rUTI 亚组的微生物群落结构均与健康对照组存在差异
（PERMANOVA R² = 0.091，p = 0.004；两两比较 FDR = 0.008），但各亚组之间无显著差异。乳杆菌属的平均相对丰度从对照组的29.2%降至复发性尿路感染（rUTI）各组的≤13.2%，而埃希菌属-志贺菌属则从7.2%升至25.0%–43.0%。以对照组为参照的菌群失调z评分在所有rUTI组中均升高（群落距离：FDR ≤ 0.003；尿路病原体与乳杆菌比值指数：治疗组和预防用药组的FDR均<0.001）。在分离菌株中，大肠埃希菌占比最高（35/105；其中16/35，即45.7%，具有多重耐药性），其次为克雷伯菌属（32%具有多重耐药性）；对碳青霉烯类抗生素的敏感性总体得以保留，且多重耐药大肠埃希菌同时携带更多毒力特征。
结论： rUTI与一种稳定的菌群失调状态相关，治疗无法使其恢复正常。这一状态兼具乳杆菌减少、尿路病原体占优势，以及可培养的多重耐药菌储库中毒力特征共同累积等特点。结合分析微生物群落及其分离菌株，可能有助于实施兼顾微生物组保护与耐药性考量的rUTI管理策略。
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作者声明不存在利益冲突。
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关键词：复发性尿路感染 · 尿液微生物组 · 菌群失调 · 多重耐药性 · 尿路病原菌 · 毒力因子
原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.10.10.758225v1?rss=1