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采用 Oxford Nanopore Technologies（ONT）对天然基因组 DNA（gDNA）进行靶向长读长测序（LRS），是一种经济且计算资源要求较低的方法，可用于测序选定的基因组区域，同时避免扩增类方法所带来的局限。目前，效率、多重化和可扩展性仍是现有靶向 LRS 面临的主要挑战。我们开发了 Cas12a 靶向多重纳米孔测序（CTM-nSeq），该方法结合了 Cas12a 靶向、DNA 片段富集以及采用 T7 DNA 连接酶优化的接头连接。与此前建立的方案不同，CTM-nSeq 兼容 ONT 最新的流动槽化学体系。使用 R10.4 MinION 流动槽对单个样本实施 CTM-nSeq，通常可获得数百条靶向读段。此外，CTM-nSeq 能够同时靶向多个位点，也是首个支持可靠条形码辅助多重化的靶向 ONT 测序方法。CTM-nSeq 是一种高效且易于实施的方法，可用于天然 gDNA 测序以及 DNA 甲基化、重复序列扩增和序列完整性分析。因此，CTM-nSeq 具有广泛的分析与诊断应用前景。
pawel.pelczar{at}unibas.ch
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利用 Oxford Nanopore Technologies（ONT）对天然基因组 DNA（gDNA）进行靶向长读长测序（LRS），是一种经济且计算资源需求较低的方法，可用于测定选定的基因组区域，同时避免扩增类方法所带来的限制。目前，效率、多重化和可扩展性仍是现有靶向 LRS 面临的主要挑战。我们开发了 Cas12a 靶向多重纳米孔测序（CTM-nSeq），该方法结合了 Cas12a 靶向、DNA 片段富集，以及采用 T7 DNA 连接酶优化的接头连接。与此前建立的方案不同，CTM-nSeq 与 ONT 最新的流动槽化学体系兼容。使用 R10.4 MinION 流动槽对单个样本进行 CTM-nSeq，通常可获得数百条靶向读段。此外，CTM-nSeq 支持对多个位点进行靶向，并且是首个能够通过条形码实现可靠多重化的靶向 ONT 测序方法。CTM-nSeq 是一种高效且易于使用的方法，可用于天然 gDNA 测序以及 DNA 甲基化、重复序列扩增和序列完整性的分析。因此，CTM-nSeq 具有广泛的分析与诊断应用前景。
利益冲突声明
作者声明不存在利益冲突。
脚注
https://zenodo.org/records/20407579
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发表于 2026 年 7 月 7 日。
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Cas12a 靶向的多重纳米孔测序
Anna B Rueegg、Robin Gehrold、Konstantinos Agathos、Sunwoo Chun、Aline Baur、Pawel Pelczar
bioRxiv
2026.07.06.736710；
doi：https://doi.org/10.64898/2026.07.06.736710
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Cas12a 靶向的多重纳米孔测序
Anna B Rueegg、Robin Gehrold、Konstantinos Agathos、Sunwoo Chun、Aline Baur、Pawel Pelczar
bioRxiv
2026.07.06.736710；
doi：https://doi.org/10.64898/2026.07.06.736710
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关键词：Cas12a靶向测序 · 纳米孔测序 · 长读长测序 · 多重化测序 · 基因组DNA分析
原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.07.06.736710v1?rss=1