肽是靶向蛋白质-蛋白质界面的有力工具，但其计算设计仍面临挑战，因为必须在受三维口袋环境约束的条件下，同时优化序列同一性、主链几何结构和侧链堆积。本文提出 PeTFlow，这是一种以口袋为条件的全原子肽协同设计框架，通过对离散侧链状态进行标记化，将这一受约束的设计问题系统化。在 PeTFlow 中，每个残基均表示为一个化学相容的状态标记，从而实现对肽序列、构象以及界面全原子几何结构的统一建模。PeTFlow 在肽设计基准测试中取得了更优的生成质量，并且还可进一步应用于具有治疗相关性的肽类药物设计。
1
抗感染药物发现与开发国家重点实验室，广东省手性分子与药物发现重点实验室，中山大学药学院，中国广州 510006；
在 Google Scholar 上查找该作者
在 PubMed 上查找该作者
在此网站搜索该作者
Qirui Deng 的 ORCID 记录
Mingyuan Xu
2
广州国家实验室，中国广州国际生物岛星岛环北路9号，广州 510005
在 Google Scholar 上查找该作者
在 PubMed 上查找该作者
在此网站搜索该作者
Mingyuan Xu 的 ORCID 记录
Hongming Chen
2
广州国家实验室，中国广州国际生物岛星岛环北路9号，广州 510005
在 Google Scholar 上查找该作者
在 PubMed 上查找该作者
在此网站搜索该作者
Hongming Chen 的 ORCID 记录
Jingping Lei
1
抗感染药物发现与开发国家重点实验室，广东省手性分子与药物发现重点实验室，中山大学药学院，中国广州 510006；
在 Google Scholar 上查找该作者
在 PubMed 上查找该作者
在此网站搜索该作者
Jingping Lei 的 ORCID 记录
通讯作者：
qirdeng{at}foxmail.com
摘要
信息/历史
指标
PDF 预览
摘要
肽为靶向蛋白质-蛋白质界面提供了一种强有力的手段，但其计算设计仍然面临挑战，因为必须在受三维口袋约束的环境中同时优化序列一致性、主链几何构象和侧链堆积。在此，我们提出 PeTFlow，这是一种口袋条件化的全原子肽共设计框架，通过离散侧链状态……
分词化。在 PeTFlow 中，每个残基都表示为一种化学兼容的状态 token，从而能够统一建模肽序列、构象和全原子界面几何。PeTFlow 在肽设计基准测试中取得了更优的生成质量，并可进一步应用于具有治疗价值的肽类药物设计。
利益冲突声明
作者声明不存在利益冲突。
版权
本预印本的版权持有者为作者/资助方，其已授予 bioRxiv 永久展示该预印本的许可。
本内容依据 CC-BY 4.0 国际许可协议提供。
返回顶部
上一篇
下一篇
发布于 2026 年 10 月 11 日。
下载 PDF
电子邮件
感谢您有意传播 bioRxiv 上的内容。
注意：此处要求提供您的电子邮件地址，仅用于确认您是本文的发送者。
您的电子邮件地址
*
您的姓名
*
收件人
*
请输入多个地址，每行一个，或使用逗号分隔。
您将要发送以下内容：
PeTFlow：基于流匹配、通过侧链状态分词实现的全原子肽设计
邮件主题
（您的姓名）向您转发了 bioRxiv 上的一个页面
邮件正文
（您的姓名）认为您可能会对 bioRxiv 网站上的这个页面感兴趣。
个人留言
验证码
此问题用于确认您是真人访客，并防止自动垃圾信息提交。
分享
PeTFlow：基于流匹配、通过侧链状态分词实现的全原子肽设计
Qirui Deng、Mingyuan Xu、Hongming Chen、Jingping Lei
bioRxiv
2026.10.09.757799；
doi：https://doi.org/10.64898/2026.10.09.757799
分享本文：
复制
引文工具
PeTFlow：基于流匹配、通过侧链状态分词实现的全原子肽设计
Qirui Deng、Mingyuan Xu、Hongming Chen、Jingping
Lei
bioRxiv
2026.10.09.757799
doi：https://doi.org/10.64898/2026.10.09.757799
引文管理器格式
BibTeX
Bookends
EasyBib
EndNote（标记格式）
EndNote 8（XML）
Medlars
Mendeley
Papers
RefWorks（标记格式）
Ref Manager
RIS
Zotero
推文组件
Facebook 点赞
Google Plus +1
学科领域
所有文章
动物行为与认知（8110）
生物化学（18939）
生物工程（15092）
生物信息学（44965）
生物物理学（22849）
癌症生物学（19967）
细胞生物学（27178）
临床试验（138）
发育生物学（14077）
生态学（21277）
流行病学（2067）
进化生物学（25676）
遗传学（16277）
基因组学（23726）
免疫学（18902）
微生物学（42964）
分子生物学（18237）
神经科学（94487）
古生物学（709）
病理学（3014）
药理学与毒理学（5149）
生理学（8217）
植物生物学（16165）
科学传播与教育（2106）
合成生物学（4610）
系统生物学（10331）
动物学（2408）
关键词：肽设计 · 流匹配 · 全原子建模 · 蛋白质-蛋白质相互作用 · 药物设计
原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.10.09.757799v1?rss=1