rhythmCI：一种利用谐波回归振幅置信区间进行节律检测的 R 包

内容形式：摘要译文

昼夜节律时钟是进化上保守的系统，协调人体生理、组织活动和细胞功能的每日节律。在昼夜节律研究中，NanoString nCounter 平台已成为微阵列和 RNA 测序的可靠替代方案。然而，仪器的原始输出需要经过专门的预处理，以处理技术噪声。此外，尽管谐波回归被广泛用于检测生物时间序列数据中的周期性信号，但在临床研究中，受限于稀疏采样和较小的样本量，评估节律性仍极具挑战。为应对这些局限，我们开发了 rhythmCI，这是一款易于使用的 R 软件包，将成熟的标准化方法与完整的昼夜节律数据分析流程相结合。该软件包纳入了自助抽样程序，用于估计谐波回归振幅的置信区间，为小队列研究中的节律性量化提供了一种统计上透明的方法。rhythmCI 为 NanoString nCounter 数据提供端到端工作流程，涵盖自动预处理、标准化和可视化。我们使用 Simphony 框架生成的合成时间序列数据评估了该软件包的实用性和准确性，结果表明，在受控模拟条件下，rhythmCI 能够给出易于解释且可靠的节律性分类。rhythmCI 弥补了昼夜节律生物信息学中的一项关键空缺，为表征临床研究中常见的、具有挑战性的实验设计下的周期性提供了可靠方法。通过简化 NanoString 数据分析流程，并提高小规模数据集中节律检测的统计严谨性，rhythmCI 提升了昼夜节律生物学分析的可及性和可靠性。

关键词：昼夜节律 · 谐波回归 · 振幅置信区间 · NanoString数据分析 · 自助抽样

原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.10.05.756647v1?rss=1