生活在生物多样性热点地区的社区，由于难以充分获得营养、清洁水源和卫生设施，面临更高的病原体暴露与传播风险。病毒尤其具有较高的流行和溢出潜力，并可造成广泛的健康影响；然而，许多高风险地区的病毒多样性及其动态仍缺乏研究。马达加斯加是一个生物多样性无与伦比的热点地区，同时面临社会经济条件受限和传染病负担沉重等问题，当地持续开展的医疗保健项目为调查流行病毒的多样性提供了契机。在本研究中，我们采用宏基因组学流程，对马达加斯加东南部一处流动医疗诊所接诊的发热患者口腔／鼻腔拭子样本中的病毒组进行分析，其中 49% 的患者疟疾检测呈阳性（恶性疟原虫，*Plasmodium falciparum*）。我们鉴定出来自 12 个科的人类感染性病毒序列：腺病毒科（Adenoviridae）、圆环病毒科（Anelloviridae）、正疱疹病毒科（Orthoherpesviridae）、乳头瘤病毒科（Papillomaviridae）、多瘤病毒科（Polyomaviridae）、星状病毒科（Astroviridae）、冠状病毒科（Coronaviridae）、马托纳病毒科（Matonaviridae）、正黏病毒科（Orthomyxoviridae）、副黏病毒科（Paramyxoviridae）、小 RNA 病毒科（Picornaviridae）和沉积病毒科（Sedoreoviridae）。这些病毒序列总体上与全球流行的已知谱系高度相似，但也鉴定出多种被认为罕见或新兴的病毒（例如肠道病毒 C105 型和肠道病毒 C117 型）。尽管我们未发现疟疾感染状态与致病性病毒存在之间有显著关联，但年龄较小者检出致病性病毒的几率更高。圆环病毒科中非致病性病毒广泛流行且多样性丰富，丰富度为 0 至 70 种。感染恶性疟原虫或携带致病性病毒的个体，往往共享更多圆环病毒。我们还检出了与原生生物相关、感染植物或宿主未知的病毒。总体而言，本研究记录了广泛的病毒多样性，遍及马达加斯加，展示了如何利用宏基因组学流程构建病毒基因组资源，以支持传染病负担较高地区的病原体监测。
马达加斯加移动医疗诊所的研究发现：农村自给型社区发热患者体内病毒的多样性与动态变化 | bioRxiv
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马达加斯加移动医疗诊所的研究发现：农村自给型社区发热患者体内病毒的多样性与动态变化
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https://doi.org/10.64898/2026.10.07.757397
Elise N. Paietta
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由于难以获得充足营养、清洁饮水和卫生设施，生活在生物多样性热点地区的社区面临更高的病原体暴露与传播风险。病毒尤其具有较高的流行和溢出传播潜力，并会造成广泛的健康影响；然而，许多高风险地区的病毒多样性及其动态仍未得到充分研究。在
马达加斯加拥有无与伦比的生物多样性，同时面临社会经济条件制约和沉重的传染病负担；当地持续开展的医疗卫生项目为调查循环传播的病毒多样性提供了契机。本研究采用宏基因组分析流程，对马达加斯加东南部一所流动医疗诊所接诊的发热患者口腔／鼻腔拭子中的病毒组进行表征，其中 49% 的患者疟疾检测呈阳性（恶性疟原虫 *Plasmodium falciparum*）。我们表征了来自 12 个科的人类感染性病毒序列（腺病毒科、圆环病毒科、正疱疹病毒科、乳头瘤病毒科、多瘤病毒科、星状病毒科、冠状病毒科、马特纳病毒科、正黏液病毒科、副黏液病毒科、小 RNA 病毒科和沉积病毒科）。这些病毒序列总体上与全球已知流行谱系高度相似，但也检出了多种被认为较为罕见或新近出现的病毒（例如肠道病毒 C105 型、肠道病毒 C117 型）。尽管我们未发现疟疾感染状态与致病性病毒检出之间存在显著关联，但年龄较小者检出致病性病毒的几率更高。圆环病毒科中非致病性病毒的流行率较高，且多样性丰富，种类丰富度为 0 至 70。感染恶性疟原虫或检出致病性病毒的个体，往往携带更多共同的圆环病毒。我们还检出了与原生生物相关、感染植物或宿主尚不明确的病毒。总体而言，本研究记录了马达加斯加广泛的病毒多样性，并凸显了宏基因组分析流程在传染病负担较重地区构建病毒基因组资源、开展病原体监测方面的应用价值。
利益冲突声明
作者声明不存在利益冲突。
经声明的资助信息
杜克大学气候研究创新种子计划（CRISP），不适用
国家
科学基金会
2412446
版权
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发布于 2026 年 10 月 8 日。
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马达加斯加移动医疗诊所的见闻：马达加斯加农村自给型社区发热人群中的病毒多样性与动态变化
Elise N. Paietta、
Andriantiana Tsirimanana、
Rachel A. Johnston、
Tanguy F. Razafiarimihoby、
Olesya Ravaoharimbola、
Simona Kraberger、
Camille M.M. DeSisto、
Emmanuel Silva Orozco、
Melodi Anahtar、
Brian McAdoo、
Eric Baitchman、
Sakib Burza、
Matthew Scotch、
Arvind Varsani
bioRxiv
2026.10.07.757397；
doi：
https://doi.org/10.64898/2026.10.07.757397
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马达加斯加移动医疗诊所的见闻：马达加斯加农村自给型社区发热人群中的病毒多样性与动态变化
Elise N. Paietta、
安德里安蒂亚纳·齐里马纳纳、雷切尔·A·约翰斯顿、坦圭·F·拉扎菲阿里米霍比、奥莱西娅·拉瓦奥哈里姆博拉、西莫娜·克拉伯格、卡米尔·M. M.·德西斯托、埃马纽埃尔·席尔瓦·奥罗斯科、梅洛迪·阿纳赫塔尔、布赖恩·麦卡杜、埃里克·贝奇曼、萨基布·布尔扎、马修·斯科奇、阿尔温德·瓦尔萨尼
bioRxiv
2026.10.07.757397
doi: https://doi.org/10.64898/2026.10.07.757397
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关键词：马达加斯加病毒组 · 宏基因组测序 · 病毒多样性 · 发热患者 · 病原体监测
原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.10.07.757397v1?rss=1