宏基因组数据库蕴藏着海量尚未探索的遗传物质，可为生物技术和医学工具的开发提供基础，但我们对大规模序列数据的分析能力限制了发现进程。在此，我们表明，自主运行框架中的大型语言模型（LLM）能够缓解这一瓶颈，并揭示新型分子系统。我们部署了 Claude Code 实例，对 19 亿个蛋白质簇中的逆转录酶（RT）基因座进行筛查。在最优候选者中，我们发现了阵列相关逆转录酶（ART）：一个新型巨型噬菌体 RT 家族，其与一组约 200 个核苷酸长的重复单元及一个专属伴侣基因相连。会话记录显示，Claude 通过直接检查 DNA 序列并识别其中非典型的重复序列，发现了 ART 家族；这一行为可归因于 Mythos 5 的特定内部信号对重复 DNA 的响应。ART 阵列具有高表达水平，并在葡萄球菌噬菌体感染过程中呈现为离散单元，这提示该 RT 系统受一组不同 RNA 的调控。这些发现表明，LLM 能够自主检测异常并推动分析，从而开启生物学发现。
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摘要
宏基因组数据库包含海量尚未探索的遗传物质，可为生物技术和医学工具的开发提供基础，但我们大规模分析序列数据的能力限制了发现的进展。在此，我们展示了，在自主运行框架中使用的大语言模型（LLM）能够缓解这一瓶颈，并发现新型分子系统。我们部署了 Claude Code 实例，对 19 亿个蛋白质簇中的逆转录酶（RT）位点进行调查。排名靠前的候选对象包括阵列相关逆转录酶（ART），这是一个新型巨型噬菌体 RT 家族，与一组约 200 个核苷酸长的单元及一个专属伴侣基因相连。会话记录显示，Claude 通过直接检查 DNA 序列并识别其中非典型的重复序列，发现了 ART 家族；这一行为可归因于 Mythos 5 中对重复 DNA 作出响应的特定内部信号。ART 阵列在表达中高度活跃，并在葡萄球菌噬菌体感染期间呈现为离散单元，这表明该 RT 系统由一组不同的 RNA 所引导。这些发现表明，LLM 能够自主检测异常，并推动分析工作，从而开启生物学发现。
利益冲突声明
所有作者均为 Anthropic 员工，且可能持有该公司的股权。Anthropic 已就本研究相关内容提交临时专利申请，P.H.Y.、J.S.A.、N.T.P. 和 M.G.D. 为该申请的发明人。M.G.D. 声明其在 Stylus Medicine 持有外部利益。
已申报资助方信息
Anthropic（美国），
版权
本预印本的版权归作者/资助方所有，其已授予 bioRxiv 永久展示该预印本的许可。
本文依据 CC-BY 4.0 许可发布。
国际许可
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发布于 2026 年 10 月 11 日。
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自主 AI 智能体发现具有串联重复阵列的逆转录酶
Peter H Yoon，Januka S Athukoralage，Emmanuel Ameisen，Eric Kauderer-Abrams，Nicholas T Perry，Matthew G Durrant
bioRxiv
2026.10.05.755809；
doi：https://doi.org/10.64898/2026.10.05.755809
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Peter H Yoon，Januka S Athukoralage，Emmanuel Ameisen，Eric Kauderer-Abrams，Nicholas T Perry，Matthew G Durrant
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2026.10.05.755809；
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关键词：逆转录酶 · 串联重复序列 · 巨型噬菌体 · 宏基因组学 · 自主人工智能代理
原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.10.05.755809v1?rss=1