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内容形式:摘要译文
生物样本库保存的人脑组织,是开展结构、细胞和生物分子研究的基础,而这些研究对于从机制层面理解神经系统疾病至关重要。要充分发挥这些宝贵资源的研究潜力,就需要对具有研究价值的组织进行充分表征,使研究人员能够高效地识别这些组织,并将其纳入跨学科研究的概念框架和计算框架。为提高研究的可靠性和可重复性,已有多项大规模工作致力于表征并注释这些样本的采集过程,但在样本空间信息的标准化方面进展有限。生物样本库按照脑组织取样方案(BSP)系统地采集脑组织,各机构的方案有所不同,而关于样本的明确空间信息可能并未记录在标准操作规程(SOP)中。不同生物样本库向研究人员提供的解剖位置细节并不一致,而且通常缺乏足够的解剖学精度,难以确保其样本与其他生物样本库的样本,或与依据神经影像、功能或疾病易感性标准确定的研究相关脑区相对应。在此,我们提出一种用于构建“离体样本方案位置映射空间图谱”(SAMPLES)的流程。该流程采用神经影像学框架,在现代数字脑模板上,以具有精确度量尺度的数字化方式再现脑组织取出、分割、切片和取样程序,从而建立BSP的三维表征。SAMPLES采用现代神经信息学规范,为BSP所定义的样本建立明确的三维标记,并可通过免费提供的神经影像软件进行交互式可视化。我们通过为华盛顿大学生物样本库与综合神经病理学实验室的取样方案构建图谱(UW BRaIN SAMPLES),展示了这一流程。SAMPLES图谱提供了明确且可计算的参照,有助于跨学科研究高效识别、定位和利用尸检样本。这些功能可支持生物样本库的工作流程、不同生物样本库之间的数据协调,以及与生前神经影像数据的整合。
关键词:人脑组织生物样本库 · 数字脑图谱 · 脑组织取样方案 · 三维空间定位 · 神经信息学
原文链接:https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.05.13.724753v1?rss=1