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SATB1通过重塑染色质结构和转录程序促进乳腺癌转移。然而，其关键下游效应因子尚未得到完全界定。在本研究中，我们聚焦于上皮—间质转化（epithelial-mesenchymal transition，EMT）基因，旨在鉴定可干预的侵袭驱动因子。我们利用全基因组新生转录测序（Global Run-On Sequencing，GRO-seq）检测新生转录本，在经SATB1转导而获得致瘤性及转移特征的人乳腺上皮细胞（MCF10A-1）中，从300个经过整理的促EMT基因中鉴定出98个SATB1直接靶基因。这些由SATB1激活的EMT基因调控细胞外基质重塑、缺氧响应性转录程序，以及连接血管生成与免疫逃逸的肿瘤微环境程序，从而共同增强转移能力。三阴性乳腺癌（triple-negative breast cancer，TNBC）是一种具有高度异质性的疾病，其特征是频繁发生转移并对化疗产生耐药。在TNBC的四种分子亚型中，98个受SATB1调控的EMT基因在基底样2型（Basal-like 2，BL2）亚型中显著富集并被激活（Fisher确切检验：p = 4.53e-9）；该亚型与侵袭性行为、更差的临床结局及较低的治疗响应率相关。相比之下，不依赖SATB1的EMT基因在BL2亚型中未显示出富集，表明SATB1对EMT基因具有选择性调控作用。我们进一步分析了环境致癌物苯并[a]芘（benzo[a]pyrene，B[a]P）诱导的新生转录本；B[a]P是一种已知的乳腺致癌物。短期暴露于B[a]P后被激活的72个EMT基因中，有一半与SATB1依赖性EMT基因重叠，表明两种不同的致病因素——SATB1和B[a]P——汇聚于一个大体共享的促侵袭基因网络。这些结果表明，乳腺癌中的EMT基因并非整体性或随机性地被激活，而是受到选择性激活，从而形成一个与转移风险相关的EMT基因网络。经进一步验证后，该基因特征可能作为一种预后标志物。
基因组组织因子 SATB1 选择性激活一组特定的 EMT 基因，驱动转移性乳腺癌 | bioRxiv
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基因组组织因子 SATB1 选择性激活一组特定的 EMT 基因，驱动转移性乳腺癌
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Terumi
Kohwi-Shigematsu
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tkohwi-shigematsu{at}lbl.gov
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SATB1 重塑染色质结构和转录程序，从而促进乳腺癌转移。然而，其关键下游效应因子尚未得到充分界定。在本研究中，我们聚焦于上皮—间质转化（EMT）基因，旨在鉴定具有可干预性的侵袭驱动因子。我们利用全局新生转录测序（Global Run-On Sequencing，GRO-seq）检测新生转录本，在经 SATB1 转导后获得致瘤性及转移性状的人乳腺上皮细胞（MCF10A-1）中，将经整理的 300 个促 EMT 基因与 SATB1 的直接靶基因进行比对，鉴定出其中 98 个为 SATB1 的直接靶基因。这些由 SATB1 激活的 EMT 基因调控细胞外基质重塑、缺氧应答性转录程序以及肿瘤微环境相关程序，将血管生成与免疫逃逸联系起来，整体上增强了转移能力。三阴性乳腺癌（TNBC）是一种具有异质性的疾病，其特征是高频转移和化疗耐药。在 TNBC 的四种分子亚型中，这 98 个受 SATB1 调控的 EMT 基因在基底样 2 型（Basal-like 2，BL2）亚型中显著富集并被激活（Fisher 精确检验：p = 4.53e-9）；该亚型与侵袭性行为、较差的临床结局以及较低的治疗反应性相关。相比之下，不依赖 SATB1 的 EMT 基因在 BL2 亚型中未显示富集，表明 SATB1 对 EMT 基因的调控具有选择性。我们进一步分析了环境致癌物苯并[a]芘（benzo[a]pyrene，B[a]P）诱导的新生转录本；B[a]P 是一种已知的乳腺致癌物。短期暴露于 B[a]P 后被激活的 72 个 EMT 基因中，有一半与依赖 SATB1 的 EMT 基因重叠，表明 SATB1 和 B[a]P 这两种不同的病因可汇聚于一个大体共享的、促进侵袭的基因网络。这些结果表明，乳腺癌中的 EMT 基因并非被整体性或随机性地激活，而是受到选择性激活，从而界定出一个与转移风险相关的 EMT 基因网络。经进一步验证后，该基因特征可能成为一种预后标志物。
利益冲突声明
作者声明不存在利益冲突。
基金信息声明
加利福尼亚乳腺癌研究计划
，B30IB8499
美国国立环境卫生科学研究所
，R01ES023854
加利福尼亚大学旧金山分校突破性生物医学研究计划
版权
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发布于 2026 年 6 月 2 日。
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Kohwi-Shigematsu
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2026.05.29.728584；
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https://doi.org/10.64898/2026.05.29.728584
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关键词：SATB1转录调控 · 上皮—间质转化 · 乳腺癌转移 · 三阴性乳腺癌 · 染色质重塑 · 肿瘤微环境
原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.05.29.728584v1?rss=1