构建捕获染色体结构与功能的数据库：符号与语法

内容形式：摘要译文

现有的间期染色体构象数据库通常储存基因组片段的三维坐标。然而，由于间期染色质具有高度动态性，此类数据库主要由瞬时构象和非结构化区域构成；这些区域的位置会在不同细胞之间以及随时间持续变化，这与珠蛋白等折叠蛋白不同，后者在每个细胞中均呈现相似的结构。基于这些局限性，人们开始构建一种以“strion”为基础的数据库（该词由同时体现结构与功能的“string”一词组合而成）。一个 strion 通过仅保留具有功能相关性的位置信息，简明描述单个细胞中所有转录单元的结构与活性。随后，将不同时间采样的不同细胞中描述其结构的一组 strion 汇编为一个“super-strion”。进而，46 个 super-strion 概括了一类人类细胞的结构与活性范围，其中包括所有转录单元的信息、每个转录单元与其他转录单元在转录工厂/转录枢纽中共同激活和共同聚簇的频率、增强子互作组，以及小世界表达网络。

关键词：染色体构象 · 三维基因组 · 染色质结构 · 转录工厂 · 基因表达网络 · 生物数据库

原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.05.14.724942v1?rss=1