S2F-agent：面向序列到功能计算基因组学工作流的技能驱动智能体

序列到功能（Sequence-to-Function，S2F）基础模型正在革新基因组学研究，但其碎片化的生态系统因输入、输出及运行环境之间的不兼容，严重制约了实际应用。通用编码代理缺乏安全解决这些生物学复杂问题所必需的严格领域约束。在此，我们提出 s2f-agent，一种以技能为基础的代理编排系统，可将开放式基因组学查询转化为可复现、可执行的分析流程。通过整合规范化输入键、特定任务的操作手册以及标准化契约，s2f-agent 统一了涵盖 11 个先进模型的工作流程，其中包括 AlphaGenome、Borzoi 和 Evo 2。经严格的路由与基础性评估验证，s2f-agent 弥合了复杂模型架构与实际应用价值之间的关键鸿沟，有效地将一个难以驾驭的生态系统转变为研究人员易于使用的操作层。

作者声明不存在利益冲突。

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关键词：序列到功能建模 · 计算基因组学 · 智能体编排 · 工作流自动化 · 基础模型 · 可复现分析

原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.05.13.724757v1?rss=1