基于 Rfam 和 R2DT 的病毒非编码 RNA 结构注释与 API 数据检索

Rfam 是一个全面的非编码 RNA（ncRNA）家族数据库，提供经过整理的序列比对、一致性二级结构以及数千个 RNA 家族的协方差模型。该数据库对于鉴定新测序基因组中的结构化非编码 RNA，以及理解 RNA 结构—功能关系至关重要。本文介绍了用于病毒基因组自动化 ncRNA 注释的计算协议，以及通过其 RESTful API 以程序化方式与 Rfam 进行交互的方法。我们利用 R2DT 中新开发的功能，从基因组序列和多序列比对生成全面的二维结构图，展示了全基因组 RNA 结构可视化方法。我们还通过 Rfam API 给出了检索家族元数据、下载比对数据、获取二级结构以及搜索用户序列的实际示例。这些方法使病毒学和 RNA 生物学研究人员能够将 Rfam 数据整合至定制的生物信息学流程、比较分析和机器学习工作流中。

作者声明不存在利益冲突。

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关键词：非编码RNA · 病毒基因组注释 · RNA二级结构 · Rfam数据库 · R2DT可视化 · API数据检索

原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.05.10.724034v1?rss=1