MagNet：构建稻瘟病菌高可信度蛋白质-蛋白质相互作用网络的计算方法

内容形式：摘要译文

稻瘟病菌（Magnaporthe oryzae）作为一种模式生物，在植物—微生物相互作用的分子研究中发挥着重要作用。对该真菌致病机制的研究揭示了许多参与信号通路的基因。随着多组学数据的不断积累，研究者已开展基因组水平的研究，以揭示稻瘟病菌致病过程中潜在的生物学过程。鉴定全基因组范围的蛋白质—蛋白质相互作用（PPI）网络是多组学研究方法之一，有助于理解信号转导和调控通路。然而，由于假阳性和假阴性结果较多，现有的稻瘟病菌生物网络资源尚不足以阐明其致病机制。本研究采用三种方法构建了一个可靠的稻瘟病菌PPI网络数据库MagNet，包括基于同源性的Interolog搜索、共表达网络构建以及基于结构域—结构域相互作用（DDI）的预测。综合三种方法，共生成包含5,600,976个相互作用的全网络，其中包括由三种方法共同支持的217,531个高可信度相互作用。稻瘟病菌PPI实验数据表明，与先前构建的数据库相比，我们的PPI网络能够以更高的准确率预测蛋白质—蛋白质相互作用。MagNet将提供整合的生物网络数据，有助于理解稻瘟病菌的分子机制。PPI数据可通过https://magnet.scnu.ac.kr访问。

关键词：稻瘟病菌 · 蛋白质-蛋白质相互作用网络 · 计算预测 · 同源互作推断 · 共表达网络 · 结构域相互作用

原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.05.11.724438v1?rss=1