长读长测序对真菌基因组组装的影响：进展与差异

过去30年来，真菌基因组学迅速发展；近年来，尽管许多分类学空白仍然存在，但在许多类群中其发展速度进一步加快。经过三十年的快速增长，如今有必要重新审视真菌基因组学的发展历史、研究进展及尚未解决的分类学空白。在本文中，我们回顾了真菌基因组学的发展历程，从真菌基因组计划（Fungal Genome Initiative）等早期工作，到当前由第三代长读长测序技术推动的研究进展。我们汇编并总结了公开可获得的真菌基因组数据，以揭示基因组组装质量、长读长技术的应用情况以及分类学代表性方面的趋势。值得注意的是，真菌系统发育关系中仍存在大量空白，尤其是在双核菌门（Dikarya）之外；此外，不可培养类群仍面临重大挑战。本综述为真菌学界明确了若干优先事项，包括：（1）协调开展工作，以填补真菌生命之树中的主要分类学空白；（2）改进数据库指标，以便于识别高质量的基因组组装结果；以及（3）改进并标准化基因组注释，而目前大多数基因组组装结果仍缺乏完善的注释。总体而言，这些措施将推动构建可靠的基因组资源，全面涵盖真菌界的多样性，为比较基因组学、进化生物学、功能研究、遗传学研究及应用研究提供基础数据。

作者声明不存在利益冲突。

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关键词：真菌基因组学 · 长读长测序 · 基因组组装 · 基因组注释 · 比较基因组学

原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.05.12.724544v1?rss=1