BAT：用于基因树构建、注释和功能推断的一体化流程

基因家族功能探索通常需要在基因树的系统发育背景下，分析基序、结构域及相关数据集（例如基因表达数据）。随着基因组资源日益丰富，有必要建立本地化流程，以利用项目特异性资源分析感兴趣的基因家族。本文介绍了 BLAST-Align-Tree（BAT），这是一种用于自动构建和注释基因家族系统发育关系的生物信息学流程，可支持基因树探索。BAT 将本地基因组数据库的 BLAST 搜索与稳健且灵活的基因树构建流程相结合，并支持多种注释模式。其输出可视化结果能够展示实验数据集、自定义正则表达式指定的氨基酸基序以及蛋白质 HMM 结构域注释。为提高灵活性，BAT 可在本地运行，且不依赖预先构建的数据库，从而能够便捷地整合自定义基因组和数据集。本文所述的三个主要案例研究展示了 BAT 在已表征基因家族中推断同源基因和直系同源基因功能方面的实用性。BAT 适用于跨越整个生命之树的基因家族精细尺度系统基因组学分析；安装时提供的默认基因组涵盖多种模式真核生物。

作者声明不存在利益冲突。

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关键词：基因家族分析 · 系统发育树构建 · 基因功能推断 · 同源基因鉴定 · 蛋白质结构域注释 · 生物信息学流程

原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.05.07.721474v1?rss=1