利用宏蛋白质组学解析粪便来源体外稳定微生物群落的功能动态

粪便来源的体外微生物群落是研究肠道微生物组功能及推动转化应用的有前景模型。然而，决定群落建立的因素及其潜在机制尚未得到充分阐明。我们采用大规模定量宏蛋白质组学方法，研究了人类粪便微生物组在三种培养基中连续传代25代期间的功能与群落动态。结果表明，培养基和供体特异性的微生物组特征均显著影响群落建立。分类单元特异性的功能分析揭示，培养基中的营养物质可获得性以及微生物应激反应是体外群落建立的关键决定因素。值得注意的是，RapidAIM培养基中黏蛋白聚糖的代谢有助于维持在其他培养基中难以获得支持的拟杆菌科（Bacteroidaceae）物种，从而形成了与未经培养的粪便接种物最为相似的体外群落。总体而言，这些发现为体外肠道微生物群落的建立提供了机制层面的认识，并支持进一步优化和应用粪便来源的体外微生物组模型。

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利用宏蛋白质组学剖析粪便来源的体外稳定微生物群落的功能动态

Angela Wang 女士，

Emily Fekete 女士，

Marybeth Creskey 女士，

Zhibin Ning 博士，

Janice Mayne 博士，

Kai Cheng 博士，

Qing Wu 博士，

Vanessa D'Costa 教授，

Xuguang Li 博士，

Daniel Figeys 教授，

Xu Zhang 博士

doi：

https://doi.org/10.64898/2026.10.05.754657

Angela Wang 女士 1 加拿大渥太华，加拿大卫生部卫生产品与食品司生物制品与放射性药品局肿瘤学、生物统计学、研究与放射性药物中心监管研究部；

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发表于2026年10月6日。

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Vanessa D'Costa 教授，

Xuguang Li 博士，

Daniel Figeys 教授，

Xu Zhang 博士

bioRxiv

2026.10.05.754657；

doi：

https://doi.org/10.64898/2026.10.05.754657

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Daniel Figeys 教授，

Xu Zhang 博士

bioRxiv

2026.10.05.754657；

doi：

https://doi.org/10.64898/2026.10.05.754657

📄 原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.10.05.754657v1?rss=1

🏷️ 宏蛋白质组学 肠道微生物组 体外微生物群落 群落功能动态 培养基效应 微生物应激反应