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适应性基因渗入是指通过杂交在物种间转移有利等位基因，现已日益被认为是适应新环境的重要来源。然而，适应性基因渗入理论主要针对单一随机交配群体构建，而许多实证案例涉及空间上分化的群体。在这类系统中，低频适应性等位基因可能代表适应性传播波的前沿，也可能存在于一个对该渗入等位基因进行局部负选择的亚群体中。我们基于适应性等位基因频率与渗入片段长度之间的关系，提出了一个简单的预测。模拟结果表明，在无条件有利等位基因正在进行选择扫荡的过程中，二者呈正相关；而在局部适应情形下，二者之间不存在相关性。片段侵蚀可作为衡量自基因渗入以来时间的重组时钟；在前一种情况下，这一时间还决定了适应性传播波的传播距离，进而决定等位基因频率，而在后一种情况下，等位基因频率则由局部选择决定。我们以海鞘 Ciona intestinalis 中一个研究较为充分的适应性基因渗入案例为对象，利用单倍型标记测序重建了具有相位信息的基因组及局部祖源，从而检验了这一预测。我们未发现适应性等位基因频率与渗入片段长度之间存在任何关系，这进一步支持了局部适应模型，而非持续进行的全局选择扫荡模型。
在全球选择与局部选择作用下，分化种群中的适应性渗入会留下不同的基因组印记：以海鞘 Ciona intestinalis 为例 | bioRxiv
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# 在全球选择与局部选择作用下，分化种群中的适应性渗入会留下不同的基因组印记：以海鞘 Ciona intestinalis 为例
Manon Le Goff， Frederique Cerqueira， Benjamin Penaud， 查看 ORCID 个人资料 Pierre-Alexandre Gagnaire， Frederique Viard， Nicolas Bierne
doi： https://doi.org/10.64898/2026.09.29.754965
Manon Le Goff 1 蒙彼利埃进化科学研究所（ISEM），法国国家科学研究中心（CNRS）； 在 Google Scholar 中查找该作者 在 PubMed 中查找该作者 在持有人为作者/资助方，其已授予 bioRxiv 许可，允许其展示该预印本。
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发布于 2026 年 10 月 4 日。
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Manon Le Goff， Frederique Cerqueira， Benjamin Penaud， Pierre-Alexandre Gagnaire， Frederique Viard， Nicolas Bierne
bioRxiv 2026.09.29.754965； doi： https://doi.org/10.64898/2026.09.29.754965
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Manon Le Goff， Frederique Cerqueira， Benjamin Penaud， Pierre-Alexandre Gagnaire， Frederique Viard， Nicolas Bierne
bioRxiv 2026.09.29.754965； doi： https://doi.org/10.64898/2026.09.29.754965
📄 原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.09.29.754965v1?rss=1
🏷️ 适应性基因渗入 局部适应 基因组选择扫荡 基因渗入片段 单倍型分析