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背景 单细胞RNA测序（scRNA-seq）与单细胞核RNA测序（snRNA-seq）数据的比较研究已在部分哺乳动物组织中开展，随后也扩展至果蝇，但在大多数无脊椎动物类群中仍未得到探索。异无腔动物占据关键的系统发育位置，但其解剖结构与哺乳动物存在差异。它们的细胞外基质较为简化，体液盐浓度较高，且没有循环系统。尽管存在这些差异，它们仍具有发育良好的神经系统。异无腔动物中的一种光共生无腔动物——日本前矢状虫（Praesagittifera naikaiensis）还携带共生的四鞭藻属（Tetraselmis）藻类，其RNA可与宿主RNA共同捕获。结果 我们比较了完整日本前矢状虫样本的scRNA-seq与snRNA-seq数据。两种方法均获得了高质量数据，基因检测水平相当，但scRNA-seq测序读段中来源于共生藻类的比例更高。基因层面的分析显示，与非神经基因相比，神经基因在snRNA-seq数据中的富集程度更高。跨方法标签转移及基于整合的验证鉴定出6个snRNA-seq细胞簇，其中包括部分神经细胞群，而在scRNA-seq数据中缺乏明确的对应细胞簇。相比之下，包括肌肉细胞群和代谢活跃细胞簇在内的3个细胞群经双向验证，证实可由两种方法共同捕获。结论 我们的结果表明，snRNA-seq的关键优势，尤其是对神经转录本增强的回收能力，在本研究数据集中同样得到了体现，这与既往哺乳动物研究的报道一致。此外，snRNA-seq可减少来源于共生体的测序读段，并回收若干在scRNA-seq中代表性不足的细胞群。这些发现为非模式、共生性无脊椎动物的细胞图谱构建提供了实用指导。
背景 单细胞RNA测序（scRNA-seq）与单细胞核RNA测序（snRNA-seq）数据的比较研究已在一些哺乳动物组织中开展，随后也扩展至果蝇，但在大多数无脊椎动物谱系中仍未得到探索。异腔动物占据关键的系统发育位置，但其解剖结构与哺乳动物存在差异。它们的细胞外基质较为简化，体液盐度较高，且不存在循环系统。尽管存在这些差异，它们仍具有发达的神经系统。异腔动物中的一种具有光共生关系的无腔动物——海井无腔动物（Praesagittifera naikaiensis）还携带共生的四鞭藻属（Tetraselmis）藻类，其RNA可与宿主RNA共同被捕获。结果 我们比较了完整P. naikaiensis个体的scRNA-seq和snRNA-seq数据。两种方法均获得了高质量数据，基因检测水平相当，但scRNA-seq测序读段中来源于共生藻类的比例更高。基因水平分析显示，与非神经相关基因相比，神经相关基因在snRNA-seq数据中呈富集。通过跨方法标签转移和基于整合的验证，我们鉴定出6个snRNA-seq细胞簇，其中包括若干神经细胞群，这些细胞簇在scRNA-seq中缺乏明确的对应群体。相比之下，包括肌肉细胞群和代谢活跃细胞簇在内的3个细胞群经双向验证，证实可由两种方法共同捕获。结论 我们的结果表明，snRNA-seq的关键优势，尤其是对神经相关转录本增强的回收能力，在本数据集中同样得到了体现，这与既往哺乳动物研究的报道一致。此外，snRNA-seq可减少来源于共生体的测序读段，并能够回收若干在scRNA-seq中代表性不足的细胞群。这些发现为非模式、具有共生关系的无脊椎动物细胞图谱构建提供了实用指导。
📄 原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.09.27.754747v1?rss=1
🏷️ 单细胞RNA测序 单核RNA测序 细胞类型鉴定 光合共生无腔动物 神经转录组 细胞图谱