biomes：一个基于31种全球生物群系体系实现可重复的物种分布记录到生物群系分类的R软件包

摘要 1. 生物群系是广泛应用于生态学和进化研究中的大陆尺度植被单元，通常与大尺度物种分布数据结合使用。现有许多在概念上各不相同的生物群系划分方案，它们在基本定义、划分方法和空间分辨率方面存在差异。然而，大多数使用生物群系的研究往往默认采用少数几种易于获取的方案，而不是根据研究问题选择最合适的方案。 2. 我们介绍了 biomes——一个 R 软件包，以统一格式提供31种已发表的全球生物群系划分方案的空间显式栅格图层，空间分辨率为10 × 10 km，并附有元数据和简明说明。为便于使用，biomes 提供了用户友好的分类流程，可将出现记录归入具体生物群系；同时提供一种数据驱动的排序算法，以透明且可重复的方式帮助研究人员根据其数据和研究问题选择最合适的生物群系划分方案。 3. biomes 工作流程可应用于任何包含地理参考陆生物种出现记录的数据集。该流程：（1）接受用户提供的出现记录，或由软件包下载的记录；（2）根据各方案与出现数据的拟合程度对其进行排序；（3）将记录分配至具体生物群系；（4）汇总所得的分类群—生物群系模式。我们利用凤仙花亚科（Bombacoideae，锦葵科〔Malvaceae〕）185个物种的17,030条出现记录展示了该工作流程。分析表明，Ramankutty 和 Foley（1999）提出的基于植被的生物群系划分方案与数据的拟合度最高，并识别出文献中已知的该类群森林与稀树草原生物群系信号。其中，热带常绿疏林所占记录比例最高（46.1%），涉及的物种数也最多（185个物种中的162个；87.6%）。 4. biomes 为31种生物群系划分方案的技术标准化空间显式图层提供了便捷的用户访问途径，从而能够根据特定研究数据和问题，以透明、数据驱动的方式选择相应的生物群系划分方案，提升生物群系在生态学和进化研究中的可重复性与针对性。

作者声明不存在任何竞争性利益。

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📄 原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.09.25.754345v1?rss=1

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