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过渡态（TS）的生成通常通过几何相似性进行评估，然而，较低的均方根偏差（RMSD）并不能证明其具有一阶鞍点特征或反应路径连通性。本文提出 Kairos-GFM，这是一种确定性的等变流匹配模型，将二维反应图与反应物和产物三维几何结构经 Kabsch 对齐后的均值相结合。基于 881 个 Transition1x 反应（其参考过渡态均通过了严格的鞍点验证以及双向内禀反应坐标验证），Kairos-GFM 可在 0.0118 s 内生成一个候选结构，其中位 RMSD 为 0.14 [A]。一种分层物理验证框架——涵盖反应中心几何结构、未经修正的单点能、DFT 鞍点优化、谐振动频率分析以及 IRC 端点匹配——揭示了低 RMSD 和鞍点收敛并不能保证所得结构对应预期的反应通道。Kairos-GFM 在 75.94% 的反应中恢复了目标反应通道，性能优于基于扩散的方法，但仍低于基于输运的方法。这些结果表明，Kairos-GFM 可作为用于量子化学精修的快速初始几何结构生成器，并提供了一种可迁移的验证标准，用于区分几何相似性与物理保真度。
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超越 RMSD：用于超快速且经物理验证的过渡态生成的确定性 Dlow 匹配
hehua Li ，
Saisai Yu ，
Qiuyin Zhu ，
Zhenming Liu ，
Yongsheng Li ，
Shengwen Yang
doi： https://doi.org/10.64898/2026.09.30.755629
hehua Li 1 石河子大学化学化工学院，中国石河子 832002；
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Saisai Yu 2 新疆特色植物药资源教育部重点实验室；石河子大学药学院，中国石河子 832002
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Qiuyin Zhu 1 石河子大学化学化工学院，中国石河子 832002；
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通讯作者：
shengwenyang{at}shzu.edu.cn
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过渡态（TS）生成通常通过几何相似性进行评估，然而，较低的均方根偏差（RMSD）并不能证明其具有一阶鞍点特征或与反应路径相连通。在此，我们提出 Kairos-GFM——一种确定性的等变流匹配模型，将二维反应图与反应物和产物三维几何结构经 Kabsch 对齐后的均值相结合。利用包含 881 个 Transition1x 反应的数据集，其中参考过渡态均通过了严格的鞍点验证和双向内禀反应坐标（IRC）验证，Kairos-GFM 可在 0.0118 s 内生成一个候选结构，中位数 RMSD 为 0.14 Å。一个分层物理验证框架涵盖反应中心几何结构、原始单点能、DFT 鞍点优化、谐振动频率分析以及 IRC 端点匹配。结果表明，较低的 RMSD 和鞍点收敛并不能保证得到预期的反应通道。Kairos-GFM 在 75.94% 的反应中恢复了目标反应通道，其性能优于基于扩散的方法，但仍低于基于输运的方法。这些结果表明，Kairos-GFM 可作为量子化学精修的快速初始几何结构生成器，并提供一种可迁移的验证标准，用于区分几何相似性与物理保真度。
利益冲突声明
已声明的资助信息
国家医疗计划医师组织， https://ror.org/05r6ndz30，项目编号：H20250869
中国教育部基础学科与交叉学科突破计划，项目编号：JYB2025XDXM609
中国国家重点研发计划，项目编号：2022YFC2804900
国家自然科学基金，项目编号：22277006、92259302、22677007、22403069 和 82660813
北京市自然科学基金，项目编号：7242195
国家人才计划，项目编号：CZ000935、KZ667301 和 KZ0139
2026 年教育发展专项项目（第三批）——高等学校基本科研业务费，项目编号：CZ000713
版权
本预印本的。
该预印本依据 CC-BY-NC-ND 4.0 国际许可协议提供。
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发布于 2026 年 10 月 1 日。
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hehua Li ，
Saisai Yu ，
Qiuyin Zhu ，
Zhenming Liu ，
Yongsheng Li ，
Shengwen Yang
bioRxiv 2026.09.30.755629； doi： https://doi.org/10.64898/2026.09.30.755629
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Saisai Yu ，
Qiuyin Zhu ，
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Yongsheng Li ，
Shengwen Yang
bioRxiv 2026.09.30.755629； doi： https://doi.org/10.64898/2026.09.30.755629
📄 原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.09.30.755629v1?rss=1
🏷️ 过渡态生成 确定性流匹配 量子化学建模 鞍点验证 内禀反应坐标 物理保真度