ClonoDynamics实现了按重复样本解析的纵向T细胞受体库动态推断

纵向 T细胞受体（TCR）库分析可能将生物学变化与测量噪声及估计量诱导的结构混淆。我们开发了 ClonoDynamics，这是一种将潜在丰度推断与去除重复样本耦合影响的方向性变化估计及跨重复样本位移协方差估计相结合的框架。利用来自同一生物样本、经12次彼此独立处理的技术测量结果组装的伪纵向序列显示，由于重复使用测量结果进行条件化和变化估计，产生了表观的恢复性动态。在不同重复样本之间分离这两种作用后，该伪影大幅消除。保留经验性检测模式的合成对照显示，时间累积的恢复程度具有剂量依赖性；对于人为施加的两个较大效应，可以恢复时间累积，而对于最小效应则未能恢复。 将 ClonoDynamics 应用于10名健康成人每周采样一次、连续6周获得的 TCRβ 库后，研究发现了依赖于丰度的方向性变化以及超过技术参考范围的共享波动。在所分析的丰度区间内，这些波动在1至5周的时间尺度上未显示出一致的正向累积。ClonoDynamics 提供了一个经实验基准验证的框架，可用于区分估计量诱导的模式、重复样本一致的纵向变异以及时间累积。

纵向 T 细胞受体库分析可能将生物学变化与测量噪声及估计量诱导的结构混淆。我们开发了 ClonoDynamics，这是一种将潜在丰度推断与去除重复样本耦合影响的方向性变化估计和跨重复样本位移协方差分析相结合的框架。利用来自同一生物样本、经独立处理的 12 次技术测量构建的伪纵向序列显示，由于重复使用测量结果进行条件设定和变化估计，产生了表观上的恢复性动态。在不同重复样本之间分离这两种作用后，该伪影基本被消除。保留经验性检测模式的合成对照显示，时间累积的恢复具有剂量依赖性，能够解析所施加的两种较大效应，但无法解析最小效应。将该方法应用于 10 名健康成年人每周采样、持续 6 周的 TCRβ 受体库后，ClonoDynamics 识别出依赖于丰度的方向性变化以及超过技术参考水平的共享波动。在所分析的丰度范围内，这些波动在 1 至 5 周期间未表现出一致的正向累积。ClonoDynamics 提供了一个经实验基准验证的框架，用于区分估计量诱导的模式、与重复样本一致的纵向变异以及时间累积。

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🏷️ T细胞受体库 纵向动态推断 重复样本分析 技术变异校正 克隆丰度变化