通过亚细胞空间蛋白质组学绘制营养型盘基网柄菌蛋白质定位的全局图谱

盘基网柄菌（*Dictyostelium discoideum*）是一种具有良好遗传操作性的变形虫类模式生物，广泛用于研究真核生物中保守的细胞过程。然而，迄今尚缺乏其亚细胞蛋白质组的全面图谱。在本研究中，我们将亚细胞分级与无标记质谱技术相结合，解析了盘基网柄菌的全局蛋白质定位图谱。我们检测到6,337种蛋白质（约占预测蛋白质组的50%），并获得了这些蛋白质在10个亚细胞组分中的丰度谱。利用经过人工整理的标志蛋白集合，以及采用中位数截断值的支持向量机分类器，我们将3,169种蛋白质以高置信度分配至17个亚细胞区室。基于序列的靶向定位预测所进行的独立验证，有力支持了上述区室分配结果。总体而言，本研究构建了首个盘基网柄菌蛋白质组全局亚细胞定位图谱，为功能学、细胞生物学及进化分析奠定了基础性资源。目前，我们正在准备进一步分析以下内容的论文：（i）盘基网柄菌的膜运输系统，包括对收缩泡、Jotnarlogs以及Patchy蛋白的详细研究；（ii）盘基网柄菌过氧化物酶体的组成，重点关注甾醇生物合成酶的亚细胞定位。我们鼓励有意使用这些数据的研究人员在相关成果发表前与我们联系，以避免研究重叠，并促进对这一资源的协调与合作使用。

盘基网柄菌（*Dictyostelium discoideum*）是一种便于遗传操作的变形虫类模式生物，广泛用于研究真核生物中保守的细胞过程，但迄今尚缺乏其亚细胞蛋白质组的综合图谱。在本研究中，我们将亚细胞分级与无标记质谱相结合，构建了盘基网柄菌的全局蛋白质定位图谱。我们检测到6,337种蛋白质（约占预测蛋白质组的50%），并获得了这些蛋白质在10个亚细胞组分中的丰度谱。利用经过整理的标志蛋白集合，以及采用中位数阈值的支持向量机分类器，我们将3,169种蛋白质以高置信度分配至17个亚细胞区室。基于序列的靶向定位预测所进行的独立验证，强有力地支持了这些区室分配结果。总体而言，本研究提供了首个盘基网柄菌蛋白质组的全局亚细胞定位图谱，为功能学、细胞生物学和进化分析奠定了基础性资源。目前，我们正在准备进一步分析以下内容的论文：（i）盘基网柄菌的膜运输系统，包括对收缩泡、Jotnarlogs以及patchy蛋白的详细研究；（ii）盘基网柄菌过氧化物酶体的组成，重点关注固醇生物合成酶的亚细胞定位。鼓励有意使用这些数据的研究人员在相关成果发表前与我们联系，以避免研究重叠，并促进这一资源的协调使用与合作利用。

📄 原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.09.28.755154v1?rss=1

🏷️ 亚细胞蛋白质组学 蛋白质定位 盘基网柄菌 无标记质谱 亚细胞区室 支持向量机分类