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日本脑炎病毒（Japanese Encephalitis Virus，JEV）属于黄病毒科，其非结构蛋白5（NS5）C末端的RNA依赖性RNA聚合酶（RdRp）结构域调控病毒基因组的从头合成。插入RdRp拇指结构域中的保守引物环启动基因组的从头合成。有趣的是，已有研究报道，病毒复制过程始于NS5（甲基转移酶/RdRp）与NS3（蛋白酶/解旋酶）之间的相互作用，而抑制这种相互作用与病毒复制受到抑制直接相关。在NS5与NS3相互作用的背景下，引物环的功能尚不清楚。本研究考察了引物环在NS5与NS3相互作用及病毒复制中的功能。采用基于结构的药物设计方法，我们针对RdRp引物环对Maybridge化合物库进行了筛选，并根据结合能鉴定出15种候选化合物。其中，与CD10712相比，DSHS00151在哺乳动物双杂交实验中对NS5与NS3相互作用表现出显著的剂量依赖性抑制作用，IC50为3.5微摩尔；其抑制病毒感染性的IC50为2.54微摩尔，降低病毒RNA载量的IC50为2.9微摩尔。分子动力学（MD）模拟显示，与CD10712相比，DSHS00151与引物环残基（790至812位）呈现出更强且更稳定的结合。通过对NS5和NS3蛋白进行分子对接所提出的分子机制表明，引物环倾向于向NS3蛋白方向旋转，以稳定该复合物；而化合物的结合会限制这一环的旋转，从而削弱NS5与NS3复合物的稳定性并影响病毒复制。总体而言，本研究验证了NS5引物环作为变构位点的功能；结合于该变构位点的化合物属于非核苷类逆转录酶抑制剂（NNRTI）抑制剂，可破坏NS5与NS3之间的相互作用，并有望开发为新型抗JEV治疗药物。
日本脑炎病毒（Japanese Encephalitis Virus，JEV）属于黄病毒科，其非结构蛋白5（NS5）C端的RNA依赖性RNA聚合酶（RNA-dependent RNA polymerase，RdRp）结构域调控病毒基因组的从头合成。插入RdRp拇指结构域中的保守引物环可启动基因组的从头合成。有趣的是，已有研究报道，病毒复制过程始于NS5（甲基转移酶/RdRp）与NS3（蛋白酶/解旋酶）之间的相互作用，而抑制该相互作用可直接抑制病毒复制。在NS5与NS3相互作用的背景下，引物环的功能尚不清楚。本研究探讨了引物环在NS5与NS3相互作用及病毒复制中的功能。采用基于结构的药物设计方法，我们对Maybridge化合物库进行了针对RdRp引物环的筛选，并依据结合能鉴定出15种候选化合物。其中，与CD10712相比，DSHS00151在哺乳动物双杂交实验中表现出显著的、剂量依赖性的NS5与NS3相互作用抑制作用，其IC50为3.5微摩尔；同时，其抑制病毒感染性的IC50为2.54微摩尔，降低病毒RNA载量的IC50为2.9微摩尔。分子动力学（MD）模拟显示，与CD10712相比，DSHS00151与引物环残基（790—812位）之间具有更强且更稳定的结合。NS5与NS3蛋白对接所揭示的分子机制表明，引物环倾向于向NS3蛋白方向旋转以稳定该复合物，而化合物的结合会限制引物环的旋转，从而削弱NS5与NS3复合物的稳定性并影响病毒复制。总体而言，本研究验证了NS5引物环作为变构位点的功能；结合于该变构位点的化合物属于非核苷类逆转录酶抑制剂（Non-Nucleoside Reverse Transcriptase Inhibitors，NNRTI）类抑制剂，能够破坏NS5与NS3之间的相互作用，并有望开发为新型抗JEV治疗药物。
📄 原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.09.23.753689v1?rss=1
🏷️ 日本脑炎病毒 NS5-NS3相互作用 RNA依赖性RNA聚合酶 引物环变构位点 抗病毒药物 结构药物设计