联合 Potts 模型与系统发育模型的一阶近似

本研究提出了一种新模型，将 Potts 模型捕捉结构依赖关系的能力与系统发育学中 Felsenstein 算法所带来的计算效率相结合。尽管本文目前主要关注蛋白质模型，但 PhyloPotts 框架同样适用于离散状态的比对数据，包括 RNA、DNA 以及 3DI 字符。我们的研究结果表明，尽管与标准模型相比，系统发育估计并不总是表现出更低的偏差，但该方法显著提高了祖先序列重建的准确性。该方法通过 BEAST 2 的 PhyloPotts 软件包以开源实现形式免费提供，网址为 https://github.com/rbouckaert/potts。

本研究提出了一种新颖的模型，将 Potts 模型捕捉结构依赖关系的能力与系统发育学中 Felsenstein 算法所带来的计算效率相结合。尽管本文目前主要聚焦于蛋白质模型，但 PhyloPotts 框架同样适用于离散状态的比对数据，包括 RNA、DNA 以及 3DI 字符。我们的研究结果表明，尽管与标准模型相比，系统发育估计并不总是表现出更低的偏差，但该方法显著提高了祖先序列重建的准确性。

该方法可通过适用于 BEAST 2 的 PhyloPotts 软件包中的开源实现免费获取，网址为 https://github.com/rbouckaert/potts。

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📄 原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.09.22.753644v1?rss=1

🏷️ Potts模型 系统发育模型 祖先序列重建 蛋白质序列分析 贝叶斯系统发育