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肠道微生物群在仔猪健康中发挥着关键作用，而母体微生物传递可能成为塑造生命早期微生物群并预防断奶后消化系统疾病的有前景手段。本研究旨在利用靶向16S-ITS-23S区域的长读长宏条形码测序方法，更好地表征母猪向仔猪的微生物群传递及其持续性。研究从17个家系中采集了粪便样品（n = 204），每个家系由1头母猪及其3头仔猪组成，并在多个阶段进行采样：母猪于妊娠后期（G110）、泌乳早期（L6）和泌乳后期（L28）采样；仔猪于泌乳早期（L6）、泌乳后期（L28）以及断奶后第5天采样。为近似达到菌株水平的分辨率，研究基于丰度协变关系（r > 0.9），将归属于同一物种的ASV（n = 6064）进行聚类，建立了推定菌株（putative strain，PS）分析方法，最终获得4857个PS。仔猪微生物群在泌乳期间逐步多样化，并逐渐趋近于母猪的微生物群。在母猪中，从妊娠后期持续至泌乳后期的PS占27 ± 6%。在仔猪中，从出生后第6天持续至断奶后第5天的PS仅占4.2 ± 2.5%。仔猪中的持续性PS主要归属于罗伊氏柠檬酸杆菌（Limosilactobacillus reuteri）和嗜淀粉乳杆菌（Lactobacillus amylovorus），其次为Holdemanella porci和H. biformis、Lentihominibacter hominis以及Dorea formicigenerans。同一家系内共享的PS显著多于无亲缘关系个体对之间的共享PS（p肠道微生物群在仔猪健康中发挥着关键作用，而母体微生物传播可能是塑造生命早期微生物群并预防断奶后消化系统紊乱的一种有前景的调控手段。本研究旨在采用针对16S-ITS-23S区域的长读长宏条形码测序方法，更好地表征母猪向仔猪的微生物群传播及其持续存在情况。研究从17个家庭中采集了粪便样本（n = 204），每个家庭由1头母猪及其3头仔猪组成，并在多个阶段进行采样：母猪于妊娠后期（G110）、泌乳早期（L6）和泌乳后期（L28）采样；仔猪则于泌乳早期（L6）、泌乳后期（L28）以及断奶后5天采样。为近似达到菌株水平的分辨率，研究基于丰度协变关系（r > 0.9），将归属于同一物种的ASV（n = 6064）进行聚类，建立了推定菌株（putative strain，PS）分析方法，最终获得4857个PS。仔猪微生物群在泌乳期间逐渐多样化，并逐步趋近于母猪的微生物群。在母猪中，从妊娠后期持续至泌乳后期的PS占27 ± 6%。在仔猪中，仅有4.2 ± 2.5%的PS从出生后第6天持续存在至断奶后5天。仔猪中持续存在的PS主要归属于罗伊氏黏液乳杆菌（Limosilactobacillus reuteri）和嗜淀粉乳杆菌（Lactobacillus amylovorus），其次为Holdemanella porci、H. biformis、Lentihominibacter hominis和Dorea formicigenerans。家庭内部共享的PS显著多于无亲缘关系个体之间共享的PS（p
📄 原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.09.23.753686v1?rss=1
🏷️ 母体微生物传递 肠道菌群 菌株持续性 16S-ITS-23S长读长测序 仔猪微生物组 泌乳后期窗口期