广谱病毒检测的高效引物设计：一种利用序列聚类和 varVAMP 的半自动化流程

广谱RT-qPCR检测方法对于在病毒科内检测高度多样化的病毒至关重要，但由于序列多样性广泛以及公共序列数据库中存在偏倚，合适引物的设计仍面临挑战。在此，我们提出了一种半自动化工作流程，将序列聚类与varVAMP相结合，以简化泛RT-qPCR引物设计。该工作流程能够减少序列冗余，改善病毒多样性的代表性，并促进广泛反应性引物候选物的识别。我们以虫媒病毒属Orthoflavivirus和Alphavirus作为概念验证数据集，展示了该工作流程在大规模且遗传多样性显著的病毒序列集合中的适用性。该工作流程为开发广谱引物候选物提供了一个实用、可扩展且可重复的框架，并有望支持对新出现或高度变异病毒的监测、诊断与防控准备。

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用于广谱病毒检测的高效引物设计：一种结合序列聚类与 varVAMP 的半自动化流程

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查看 ORCID 个人资料 Anne Mette Hoegh

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doi： https://doi.org/10.64898/2026.09.21.753121

Camille Melissa Johnston 丹麦国家血清研究所

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Louise Lohse

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bioRxiv 2026.09.21.753121； doi： https://doi.org/10.64898/2026.09.21.753121

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bioRxiv 2026.09.21.753121； doi： https://doi.org/10.64898/2026.09.21.753121

📄 原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.09.21.753121v1?rss=1

🏷️ 广谱病毒检测 引物设计 序列聚类 泛RT-qPCR 病毒序列多样性