INTACT-olotl：一种用于墨西哥钝口螈肢体再生过程中快速开展细胞类型特异性分析的简化系统

再生组织（如墨西哥钝口螈，*Ambystoma mexicanum*）由多种细胞类型构成，但特定细胞群的分离仍是一个瓶颈。标准方法依赖酶解离和荧光激活细胞分选（FACS），过程缓慢、成本高昂，并且需要专门的仪器。我们将 INTACT（特定细胞类型标记细胞核的分离，Isolation of Nuclei Tagged in specific Cell Types）技术适用于墨西哥钝口螈，构建了一个转基因品系（INTACT-olotl），使肢体结缔组织中表达 Sun1-sfGFP。该细胞群携带肢体的位置性信息，在损伤后发生去分化，并构成再生芽基的大部分。通过将优化的细胞核分离方案与抗 GFP 纳米抗体捕获相结合，标记细胞核的富集纯度由输入样本的约 34.6% 提高至 80%–89%。与解离和 FACS 相比，该方法在不到一半的时间内、无需流式细胞仪，即可回收约多 30 倍的目标细胞核。结合条形码策略的单核 RNA 测序（snRNA-seq）可直接使用结合于磁珠上的细胞核，从而无需进行荧光激活细胞核分选（FANS）。对 TGFβ 抑制过程中 INTACT 阳性的结缔组织进行分析显示，细胞外基质重塑能力丧失，同时促纤维化和炎症相关基因程序上调，呈现出类似于未解决创伤环境的特征。药物洗脱后，这些变化发生逆转，再生得以恢复，表明功能性 TGFβ 信号对于从创伤消退过渡至再生芽形成是必需的。

像蝾螈（Ambystoma mexicanum）这样的再生组织由多种细胞类型共同构成，但特定细胞群体的分离仍然是一个瓶颈。标准方法依赖酶解离和荧光激活细胞分选（FACS），这些方法耗时、成本高，并且需要专门的仪器。我们将 INTACT（Isolation of Nuclei Tagged in specific Cell Types，特定细胞类型标记细胞核的分离）技术适配于蝾螈，构建了一个转基因品系（INTACT-olotl），使 Sun1-sfGFP 在肢体结缔组织中表达。肢体结缔组织不仅携带肢体的位置信息，在损伤后发生去分化，而且构成再生芽基的大多数细胞。通过将优化的细胞核分离方案与抗 GFP 纳米抗体捕获相结合，标记细胞核的比例由输入样本中的约 34.6% 富集至 80%–89%。与解离和 FACS 相比，该方法在不到一半的时间内、无需流式细胞仪，即可回收约多 30 倍的目标细胞核。结合珠子的细胞核可直接用于组合条形码单核 RNA 测序（snRNA-seq），从而无需进行荧光激活细胞核分选（FANS）。对 TGFβ 抑制期间的 INTACT+ 结缔组织进行分析显示，细胞外基质重塑减少，同时促纤维化和炎症相关基因程序上调，呈现出类似于未能消退的创伤环境的特征。药物洗脱后，这些变化发生逆转，再生重新启动，表明功能性 TGFβ 信号传导对于从创伤消退过渡至再生芽形成是必需的。

📄 原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.09.18.752769v1?rss=1

🏷️ 墨西哥钝口螈 肢体再生 细胞类型特异性分析 INTACT技术 单核RNA测序 TGFβ信号通路