YTHDF内在无序区域中的单个残基调控依赖m6A的mRNA降解

内在无序区域（intrinsically disordered regions，IDRs）在RNA结合蛋白中介导蛋白质相互作用、凝聚体分配和调控控制；然而，采用传统的基于片段和截短体的方法，仍难以阐明IDR功能背后的残基水平逻辑。在本研究中，我们应用胞嘧啶和腺嘌呤碱基编辑器筛选，绘制YTHDF2内在无序区域中的残基水平调控图谱。YTHDF2是一种胞质定位的阅读蛋白，可将m6A修饰与mRNA降解相耦联。通过在YTHDF1/YTHDF3缺失背景下，对YTHDF2进行覆盖式碱基编辑，我们鉴定出能够调控YTHDF2依赖性细胞适应性的IDR残基。 有趣的是，我们鉴定出了一些限制YTHDF2降解活性的残基。对这些残基进行突变会破坏内源性蛋白质相互作用，并产生具有超活性的YTHDF2变体；这些变体能够促进m6A依赖性mRNA降解，并改变其向胞质RNA颗粒的募集，而不影响其内在的m6A结合能力或蛋白质稳定性。这些发现阐明了YTHDF2 IDR在残基水平上的调控逻辑，并确立了碱基编辑器筛选作为揭示IDR区域所编码功能机制的一种策略。

本征无序区域（intrinsically disordered regions，IDRs）介导RNA结合蛋白中的蛋白质相互作用、凝聚体分配及调控控制。然而，采用传统的基于片段和截短体的方法，仍难以界定支撑IDR功能的残基水平逻辑。在本研究中，我们应用胞嘧啶和腺嘌呤碱基编辑器筛选，绘制YTHDF2本征无序区域内的残基水平调控图谱。YTHDF2是一种细胞质读取蛋白，能够将m6A修饰与mRNA降解相耦联。通过在YTHDF1/YTHDF3缺失的背景下，对YTHDF2进行覆盖式碱基编辑，我们鉴定出能够调控YTHDF2依赖性细胞适应性的IDR残基。

有趣的是，我们鉴定出了一些限制YTHDF2降解活性的残基。对这些残基进行突变会破坏内源性蛋白质—蛋白质相互作用，并产生超活性的YTHDF2变体；这些变体能够促进m6A依赖性mRNA降解，并改变其向细胞质RNA颗粒的募集，而不影响其内在的m6A结合能力或蛋白质稳定性。这些发现阐明了YTHDF2 IDR在残基水平上的调控逻辑，并确立了碱基编辑器筛选作为揭示IDR区域内编码功能机制的一种策略。

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🏷️ YTHDF2内在无序区域 m6A依赖性mRNA降解 RNA结合蛋白 碱基编辑器筛选 胞质RNA颗粒