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蛋白质组学研究日益采用不同的技术，包括质谱、基于抗体的 Olink 平台以及基于适配体的 SomaScan 平台。然而，下游分析通常依赖于特定平台的脚本或点击式工具，这限制了灵活性，也使跨平台复用分析变得困难。我们开发了 ProtPipe2，这是一种面向质谱、Olink 和 SomaScan 数据的下游蛋白质组学分析框架，同时以 R 软件包和交互式 Web 应用程序的形式提供。ProtPipe2 支持质量控制、预处理、插补、批次校正、统计分析、可视化、通路分析和结果导出。ProtPipe2 将原有的 Protpipe 工作流程扩展至更多蛋白质组学平台，并提供了用于插补、批次校正及其他下游分析的可复用 R 函数。重新设计的 Web 应用程序通过相同的基于 R 的工作流程，为用户提供对方法和参数的控制。针对质谱、Olink 和 SomaScan 数据集开展的案例研究表明，不同平台之间可以采用一致的下游分析流程。ProtPipe2 通过图形化和脚本化两种工作流程支持三种蛋白质组学平台，使下游分析更易于执行、重复和审查。ProtPipe2 可从 https://nih-card.github.io/ProtPipe2/ 免费获取。
1 阿尔茨海默病及相关痴呆症中心（CARD），国家老龄化研究所与国家神经疾病和卒中研究所，美国国立卫生研究院，9000 Rockville Pike，Bethesda，Maryland 20892，美国； 在 Google Scholar 中查找该作者 在 PubMed 中查找该作者 在持有人为作者/资助者，其已授予 bioRxiv 永久展示该预印本的许可。
本文为美国政府作品。根据《美国法典》第17编第105条，不受版权保护；同时根据 CC0 许可提供使用。
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发布于 2026年9月21日。
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ProtPipe2：多平台下游蛋白质组学分析工具
Jacob Epstein ， Cory Weller ， Isabelle Kowal ， Ying Hao ， Cole Tindall ， Benjamin Jin ， Mark R. Cookson ， Mike A. Nalls ， Ziyi Li ， Yue A. Qi
bioRxiv 2026.09.15.751860； doi： https://doi.org/10.64898/2026.09.15.751860
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Jacob Epstein ， Cory Weller ， Isabelle Kowal ， Ying Hao ， Cole Tindall ， Benjamin Jin ， Mark R. Cookson ， Mike A. Nalls ， Ziyi Li ， Yue A. Qi
bioRxiv 2026.09.15.751860； doi： https://doi.org/10.64898/2026.09.15.751860
📄 原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.09.15.751860v1?rss=1
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