CalFluxTools:用于分析高通量钙振荡筛选数据的 R 软件包

由 root 提交于 周二, 09/22/2026 - 18:47
利用荧光进行整板钙通量信号检测是一项强大的技术,可用于高通量监测兴奋性细胞的振荡活动,并广泛应用于神经毒性和心脏毒性研究。然而,钙振荡特征分析可输出超过60个峰值动力学参数,这使得手动数据分析颇具挑战性。我们开发了 CalFluxTools R 软件包,这是一套用于解析384孔板数据、生成质量控制指标和图表,以及开展数据分析的自动化流程,其中包括 t 检验、Z 分数分析和化合物毒性值的机器学习预测。CalFluxTools 需要提供孔板布局图(plate map)和实验清单(其中包括参数筛选规范),以及“.statall”格式的数据。在配备2.6 GHz 六核 Intel Core i7 处理器的 MacBook Pro 上,CalFluxTools 可在不到1分钟内完成运行。

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Andrew Christopher Patt, William F Borschel, John Braisted, Danyal Raza, Chia-Kuie Wu, Atena Farkondeh, Caroline Strong, Jiajing Zhang, Emily Lee, Bryan Traynor, Ewy Mathé

doi: https://doi.org/10.64898/2026.09.15.751806

Andrew Christopher Patt 1 美国国家转化科学促进中心(National Center for Advancing Translational Sciences); 在 Google Scholar 中查找该作者 在 PubMed 中查找该作者 在保护;同时依据 CC0 许可提供使用。

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发布于 2026 年 9 月 21 日。

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bioRxiv 2026.09.15.751806; doi: https://doi.org/10.64898/2026.09.15.751806

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bioRxiv 2026.09.15.751806; doi: https://doi.org/10.64898/2026.09.15.751806


📄 原文链接:https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.09.15.751806v1?rss=1

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