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对动态核酸结构的选择性分子识别是DNA复制的基础，但本征无序蛋白结构域实现这种选择性的物理机制仍不甚明了。在本研究中，我们探讨了噬菌体T4单链DNA结合蛋白gp32的本征无序C端结构域（CTD）如何参与对单链-双链DNA复制叉连接处的识别。利用含有激子耦合（Cy3）₂探针的模型DNA复制叉连接体，并结合吸收光谱、圆二色光谱和二维荧光光谱（2DFS）分析，我们定量表征了其溶液中的平均结构及构象异质性。不与蛋白质结合的DNA连接体呈现出明显不同的构象分布，而这种分布取决于单链DNA臂的长度和局部碱基序列，表明这种异质性在蛋白质结合之前便已存在。尽管野生型gp32和CTD截短突变体gp32 I*均能显著重塑连接体的平均结构，但只有野生型gp32能够保留并放大这些构象异质性差异。这些结果支持这样一种模型：本征无序的CTD通过在预先存在的DNA构象状态之间重新分配群体，而非通过稳定单一的蛋白质结合构象，促进选择性分子识别。更广泛而言，我们的研究结果表明，本征无序蛋白结构域能够通过放大其内在构象景观中原已存在的构象异质性，识别动态的核酸底物。
噬菌体 T4 gp32 的本征无序 C 端结构域放大 DNA 复制连接处预先存在的构象异质性 | bioRxiv
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# 噬菌体 T4 gp32 的本征无序 C 端结构域放大 DNA 复制连接处预先存在的构象异质性
Lulu Enkhbaatar ， Peter H. von Hippel ， 查看 ORCID 主页 Andrew H. Marcus
doi： https://doi.org/10.64898/2026.09.18.752737
Lulu Enkhbaatar 俄勒冈大学 在 Google Scholar 中查找该作者 在 PubMed 中查找该作者 在本网站搜索该作者
Peter H. von Hippel 俄勒冈大学 在 Google Scholar 中查找该作者 在 PubMed 中查找该作者 在本网站搜索该作者
Andrew H. Marcus 俄勒冈大学 在 Google Scholar 中查找该作者 在 PubMed 中查找该作者 在本网站搜索该作者 Andrew H. Marcus 的 ORCID 记录
联系方式： ahmarcus{at}uoregon.edu
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## 摘要
对动态核酸结构进行选择性分子识别是 DNA 复制的基础，但本征无序蛋白结构域实现这种选择性的物理机制仍缺乏充分认识。在本研究中，我们考察了噬菌体 T4 单链 DNA 结合蛋白 gp32 的本征无序 C 端结构域（CTD）如何参与对 ss–dsDNA 复制叉连接处的识别。利用含有激子耦合（Cy3）₂ 探针的模型 DNA 复制连接处，并结合吸收光谱、圆二色谱和二维荧光光谱（2DFS），我们定量分析了其溶液平均结构及构象异质性。不含蛋白质的 DNA 连接处表现出不同的构象分布，而这些分布取决于 ssDNA 臂的长度及局部碱基序列，表明这种异质性在蛋白质结合之前便已存在。尽管野生型 gp32 和 CTD 截短突变体 gp32 I* 均会显著重塑连接处的平均结构，但只有野生型 gp32 能够保留并放大这些构象异质性差异。这些结果支持这样一种模型：本征无序 CTD 通过在预先存在的 DNA 构象状态之间重新分配群体，而不是通过稳定单一的蛋白质结合构象，来促进选择性分子识别。更广泛而言，我们的研究结果表明，本征无序蛋白结构域能够通过放大其内在构象景观中已经存在的构象异质性，识别动态核酸底物。
## 利益冲突声明
## 脚注
https://zenodo.org/records/22649211
https://zenodo.org/records/22102458
## 资助方信息声明
美国国立卫生研究院，国家普通医学科学研究所 R35GM161360
## 版权
本预印本的。
该预印本依据 CC-BY 4.0 国际许可协议 提供。
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发布于 2026 年 9 月 20 日。
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噬菌体 T4 gp32 的本征无序 C 端结构域放大 DNA 复制连接处预先存在的构象异质性
Lulu Enkhbaatar ， Peter H. von Hippel ， Andrew H. Marcus
bioRxiv 2026.09.18.752737； doi： https://doi.org/10.64898/2026.09.18.752737
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噬菌体 T4 gp32 的本征无序 C 端结构域放大 DNA 复制连接处预先存在的构象异质性
Lulu Enkhbaatar ， Peter H. von Hippel ， Andrew H. Marcus
bioRxiv 2026.09.18.752737； doi： https://doi.org/10.64898/2026.09.18.752737
📄 原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.09.18.752737v1?rss=1
🏷️ 噬菌体T4 gp32蛋白 本征无序结构域 DNA复制叉识别 构象异质性 单链DNA结合蛋白