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细胞表面蛋白质组学能够直接评估细胞外膜的拓扑特征，并有助于捕获在全细胞蛋白质组学中可能被遗漏的低丰度蛋白。本文构建了一个无偏的图谱，系统呈现了25种常用白血病细胞系的全细胞蛋白质组和细胞表面蛋白质组，涵盖淋巴系和髓系谱系以及多种驱动突变。成对分析揭示了多种反复出现、但在全细胞蛋白质组学中未被检测到的细胞表面蛋白。通过将该数据集与RNA测序数据相结合，我们还发现了一些蛋白质丰度与RNA丰度不一致的基因。在KMT2A重排的急性髓系白血病中，各细胞系的CD70表达均有所升高，并在原发性患者样本中得到验证，支持CD70作为该疾病候选治疗靶点的可能性。多个蛋白质在细胞表面蛋白质组中富集，但尚未被注释为细胞表面蛋白，从而进一步扩展了潜在非经典细胞表面蛋白的不断增长的候选名单。这些发现揭示了一个规模可观的蛋白质库，其中的蛋白质未被传统的细胞表面蛋白注释所涵盖，包括RNA结合蛋白这一新兴的候选免疫治疗靶点类别。
无偏、系统性急性白血病细胞表面组分析：鉴定新的免疫治疗靶点 | bioRxiv
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无偏、系统性急性白血病细胞表面组分析：鉴定新的免疫治疗靶点
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Benson M George， Anna Rodriguez-Pohnlein， Donavelle J DeCastro， Jennifer Porat， Benyu Zhao， Dinah M Abeja， Ryan J Lumpkin， Rebecca J. Metivier， Anna Schmoker， Wencke Walter， Torsten Haferlach， Yana M Pikman， Katherine Donovan， Kimberly Stegmaier， Eric S Fischer， Franziska Wachter， 查看 ORCID 记录 Ryan A Flynn
doi： https://doi.org/10.64898/2026.09.16.752145
Benson M George¹ 丹娜-法伯癌症研究所； 在 Google Scholar 中查找该作者 在 PubMed 中查找该作者 在本网站搜索该作者 Benson M George 的 ORCID 记录
Anna Rodriguez-Pohnlein² 丹娜-法伯癌症研究所； 在 Google Scholar 中查找该作者 在 PubMed 中查找该作者 在本网站搜索该作者
Donavelle J DeCastro² 丹娜-法伯癌症研究所； 在 Google Scholar 中查找该作者 在 PubMed 中查找该作者 在本网站搜索该作者
Jennifer Porat³ 波士顿儿童医院； 在 Google Scholar 中查找该作者 在 PubMed 中查找该作者 在本网站搜索该作者
Benyu Zhao² 丹娜-法伯癌症研究所； 在 Google Scholar 中查找该作者 在 PubMed 中查找该作者 在本网站搜索该作者
Dinah M Abeja² 丹娜-法伯癌症研究所； 在 Google Scholar 中查找该作者 在 PubMed 中查找该作者 在本网站搜索该作者
Ryan J Lumpkin² 丹娜-法伯癌症研究所； 在 Google Scholar 中查找该作者 在 PubMed 中查找该作者 在本网站搜索该作者
Rebecca J. Metivier² 丹娜-法伯癌症研究所； 在 Google Scholar 中查找该作者 在 PubMed 中查找该作者 在本网站搜索该作者
Anna Schmoker² 丹娜-法伯癌症研究所； 在 Google Scholar 中查找该作者 在 PubMed 中查找该作者 在本网站搜索该作者
Wencke Walter⁴ MLL 慕尼黑白血病实验室 在 Google Scholar 中查找该作者 在 PubMed 中查找该作者 在本网站搜索该作者
Torsten Haferlach⁴ MLL 慕尼黑白血病实验室 在 Google Scholar 中查找该作者 在 PubMed 中查找该作者 在本网站搜索该作者
Yana M Pikman² 丹娜-法伯癌症研究所； 在 Google Scholar 中查找该作者 在 PubMed 中查找该作者 在本网站搜索该作者
Katherine Donovan² 丹娜-法伯癌症研究所； 在 Google Scholar 中查找该作者 在 PubMed 中查找该作者 在本网站搜索该作者
Kimberly Stegmaier² 丹娜-法伯癌症研究所； 在 Google Scholar 中查找该作者 在 PubMed 中查找该作者 在本网站搜索该作者
Eric S Fischer² 丹娜-法伯癌症研究所； 在 Google Scholar 中查找该作者 在 PubMed 中查找该作者 在本网站搜索该作者
Franziska Wachter² 丹娜-法伯癌症研究所； 在 Google Scholar 中查找该作者 在 PubMed 中查找该作者 在本网站搜索该作者
Ryan A Flynn³ 波士顿儿童医院； 在 Google Scholar 中查找该作者 在 PubMed 中查找该作者 在本网站搜索该作者 Ryan A Flynn 的 ORCID 记录
通讯作者： ryan.flynn{at}childrens.harvard.edu
摘要
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摘要
细胞表面蛋白质组学能够直接对细胞外膜进行拓扑学评估，并可捕获全细胞蛋白质组学可能遗漏的低丰度蛋白。在本研究中，我们构建了一个无偏的全细胞蛋白质组和细胞表面蛋白质组图谱，涵盖25种常用白血病细胞系，包括淋巴系和髓系细胞系，以及具有多种驱动突变的细胞系。配对分析揭示了一些在全细胞蛋白质组学中未被检测到、但反复出现于细胞表面的蛋白。通过将该数据集与RNA测序相结合，我们还发现了一些蛋白质丰度与RNA丰度不一致的基因。在KMT2A重排的急性髓系白血病（AML）中，CD70在多种细胞系中的表达均有所升高，并在患者原代样本中得到验证，支持CD70作为该疾病候选治疗靶点的可能性。多个蛋白在细胞表面蛋白质组中富集，但尚未被注释为细胞表面蛋白，从而进一步扩展了潜在非经典细胞表面蛋白的名单。这些发现揭示了一个规模可观的蛋白质库，其中的蛋白尚未被纳入传统的细胞表面蛋白注释，包括RNA结合蛋白这一正在兴起的候选免疫治疗靶点类别。
利益冲突声明
K.S. 担任 Auron Therapeutics 的科学顾问委员会（SAB）成员，并持有该公司的股票期权。B.M.G. 担任 Inograft Biotherapeutics 和 TEP Therapeutics 的顾问，并持有两家公司的股票期权。R.A.F. 持有 ORNA Therapeutics、TEP Therapeutics 和 Blue Planet Systems 的股票期权，并担任 Blue Planet Systems 董事会成员。E.S.F. 是 Civetta Therapeutics、Proximity Therapeutics、Anvia Therapeutics（同时担任董事会成员）、Nias Bio、Stelexis Biosciences、Vasetto Bio（同时担任董事会成员）、HiddenSee Therapeutics 以及 Neomorph（同时担任董事会成员）的创始人、科学顾问委员会成员和股权持有人。他是 Photys Therapeutics 和 Ajax Therapeutics 的股权持有人及科学顾问委员会成员，并持有 Lighthorse Therapeutics、Sequome 和 Avilar 的股权。E.S.F. 担任 Novartis、GSK、礼来公司和 Deerfield 的顾问。Fischer 实验室目前或曾经接受 Deerfield、Novartis、Ajax、Interline、Bayer 和 Astellas 的研究资助。K.A.D. 目前或曾经从 Neomorph Inc 和 Kronos Bio 获得咨询费。R.J.L. 目前受雇于 Expedition Medicine。
已声明的资助信息
Rita Allen 基金会， https://ror.org/0515k5w36
G. Harold & Leila Y. Mathers 基金会， https://ror.org/02a7hjv13
癌症研究所，CRI14279
Pew 慈善信托基金， https://ror.org/02xhk2825
美国国家环境卫生科学研究所， https://ror.org/00j4k1h63，R01ES037423
美国国家癌症研究所，R35 CA283977
美国血液学学会， https://ror.org/02nw48b86
美国国家癌症研究所，K12CA087723
版权
本预印本的。
本文依据 CC-BY-NC-ND 4.0 国际许可协议公开。
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发布于2026年9月18日。
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Benson M George， Anna Rodriguez-Pohnlein， Donavelle J DeCastro， Jennifer Porat， Benyu Zhao， Dinah M Abeja， Ryan J Lumpkin， Rebecca J. Metivier， Anna Schmoker， Wencke Walter， Torsten Haferlach， Yana M Pikman， Katherine Donovan， Kimberly Stegmaier， Eric S Fischer， Franziska Wachter， Ryan A Flynn
bioRxiv 2026.09.16.752145； doi： https://doi.org/10.64898/2026.09.16.752145
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Benson M George， Anna Rodriguez-Pohnlein， Donavelle J DeCastro， Jennifer Porat， Benyu Zhao， Dinah M Abeja， Ryan J Lumpkin， Rebecca J. Metivier， Anna Schmoker， Wencke Walter， Torsten Haferlach， Yana M Pikman， Katherine Donovan， Kimberly Stegmaier， Eric S Fischer， Franziska Wachter， Ryan A Flynn
bioRxiv 2026.09.16.752145； doi： https://doi.org/10.64898/2026.09.16.752145
📄 原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.09.16.752145v1?rss=1
🏷️ 急性白血病 细胞表面蛋白质组学 免疫治疗靶点 CD70 KMT2A重排 蛋白质组学