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我们应用最新的 RIC-seq 技术研究了人肝癌 HepG2 细胞中的 RNA-RNA 相互作用。通过整合 ChIP-seq 数据与 RIC-seq 数据，我们依据转录因子（TF）结合位点可能转录产生的 uaRNA（启动子区域转录的 RNA）和 eRNA（增强子区域转录的 RNA）的相互作用富集评分，将不同转录因子分类为两个不同的簇。随后，通过进一步整合 Hi-C、ATAC-seq 以及肝癌患者的临床数据，我们比较了不同簇之间的基因组特征和临床意义。结果显示，簇 1 的空间相互作用较弱（即由 RIC-seq 鉴定的调控性 RNA 元件之间的 RNA-RNA 相互作用较少），组织特异性较高（对于每种组蛋白修饰标志，其结合位点中被两种不同细胞系共有峰覆盖的比例较高），与 B 区室和核仁的关联性更强，所包含的转录因子结合位点聚集密度较低，并且与临床结局的相关性更高。相比之下，簇 2 具有更高的空间相互作用，更可能位于 A 区室和核 speckle 中，包含聚集密度更高的转录因子结合位点，并且更易形成环状结构。这些发现表明，这些转录因子可能在基因表达调控中发挥关键作用，并可作为潜在的生物标志物和治疗靶点，对癌症预后评估和治疗具有重要意义。总之，基于转录因子结合位点转录产生的非编码 RNA 的空间邻近性，转录因子群体可能形成不同的子网络。这些子网络似乎与不同转录因子群体的调控差异相关，并可能部分解释染色体区室或结构域的形成。
我们应用最新的 RIC-seq 技术，研究了人肝癌 HepG2 细胞中的 RNA-RNA 相互作用。通过整合 ChIP-seq 数据与 RIC-seq 数据，我们根据由转录因子（TF）结合位点可能转录产生的 uaRNA（在启动子区域转录的 RNA）和 eRNA（在增强子区域转录的 RNA）的相互作用富集评分，将不同的转录因子分为两个 distinct clusters。随后，我们进一步整合 Hi-C、ATAC-seq 以及肝癌患者的临床数据，比较了不同簇之间的基因组特征和临床意义。结果显示，簇 1 表现出较低的空间相互作用（由 RIC-seq 推断的调控性 RNA 元件之间的 RNA-RNA 相互作用）和较高的组织特异性（对于每种组蛋白修饰标志物，其结合位点中被两种不同细胞系之间的共有峰覆盖的比例较高），与 B 区室和核仁的关联更强，包含的高密度聚集 TF 结合位点较少，并且与临床结局的相关性更高。相比之下，簇 2 具有更高的空间相互作用，更可能位于 A 区室和核斑中，包含更密集聚集的 TF 结合位点，并且更倾向于形成环。这些发现表明，这些转录因子可能在基因表达调控中发挥关键作用，并可作为潜在的生物标志物和治疗靶点，对癌症预后和治疗具有重要意义。总之，不同组别的 TF 可基于由 TF 结合位点转录产生的非编码 RNA 的空间邻近性，形成不同的子网络。这些子网络似乎与各 TF 组的调控差异相关，并可能部分解释染色体区室/结构域。
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📄 原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.09.13.751294v1?rss=1
🏷️ RNA-RNA空间互作 转录因子子网络 非编码RNA RIC-seq 染色质三维结构 肝癌