BGC Atlas v2：大规模生物合成基因簇及其分类学和环境背景

基因组学和宏基因组学研究表明，微生物具有产生极其多样的次级代谢产物的能力。这些化合物在微生物相互作用中发挥着重要作用，同时也是药物及其他有用天然产物的主要来源；然而，目前仅有这一生物合成潜力中的很小一部分得到了实验表征。BGC Atlas 旨在通过将生物合成基因簇（BGC）置于基因组和环境背景中，探索这一尚未得到充分表征的多样性。在此，我们介绍 BGC Atlas v2：该版本将数据集规模扩大了近 9 倍，包含超过 1600 万个预测的 BGC，并将数据范围从宏基因组组装结果扩展至宏基因组组装基因组（MAG）、单扩增基因组和分离株基因组。新版本为近乎所有 BGC 提供了分类学归属信息和统一规范的环境元数据，支持基于生物合成、分类学、环境和地理属性的嵌套式检索，以及针对 BGC 编码基因的蛋白质序列检索。尽管数据规模庞大，该数据集仍揭示出微生物生物合成多样性中仍有相当大一部分尚未被探索。通过将生物合成途径与相关的家族、生物体和环境相联系，BGC Atlas v2 为天然产物发现以及跨分类单元和生态系统的微生物生物合成多样性研究提供了支持。BGC Atlas v2 可通过 https://bgc-atlas.cs.uni-tuebingen.de 免费获取。

基因组学和宏基因组学研究表明，微生物具有产生极其多样的次级代谢产物的能力。这些化合物在微生物相互作用中发挥重要作用，同时也是药物及其他有用天然产物的主要来源；然而，目前仅有这类生物合成潜力中的一小部分得到了实验表征。BGC Atlas 旨在通过将生物合成基因簇（biosynthetic gene clusters，BGCs）置于基因组和环境背景中，探索这一很大程度上尚未被表征的多样性。在此，我们介绍 BGC Atlas v2。该版本将数据集规模扩大了近九倍，收录了超过 1600 万个预测的 BGC，并将数据范围从宏基因组组装结果扩展至宏基因组组装基因组（MAGs）、单扩增基因组和分离菌株基因组。新版本为几乎所有 BGC 提供了分类学归属信息，整合并规范化了环境元数据，支持针对生物合成、分类学、环境和地理属性的嵌套式检索，并可基于蛋白质序列对 BGC 编码基因进行检索。尽管数据集规模庞大，该资源仍揭示出微生物生物合成多样性中仍有相当一部分尚未得到探索。通过将生物合成途径与相关的基因簇家族、生物体和环境联系起来，BGC Atlas v2 为天然产物发现以及跨分类单元和生态系统的微生物生物合成多样性研究提供了支持。BGC Atlas v2 可通过 https://bgc-atlas.cs.uni-tuebingen.de 免费获取。

📄 原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.09.14.751540v1?rss=1

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