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黄单胞菌属（Xanthomonas）由一群在系统发育和生态学上具有多样性的细菌组成，历史上主要以其中影响多种农业作物、具有重要经济意义的植物病原成员为特征。然而，越来越多的非致病性和内生性谱系在该属中得到鉴定，拓展了人们对其分类学和生态学广度的认识。尽管过去30年来人们已知非致病性黄单胞菌（non-pathogenic Xanthomonas，NPX）存在于多种植物中，但本实验室在过去十年对水稻微生物组开展的研究表明，多种且具有多样性的NPX物种可作为一个群落与特定植物宿主相关联。在本研究中，我们鉴定出两种新颖的柑橘植物相关NPX物种，并提供了证据表明，与水稻中的情况相似，存在一个由多种多样物种组成的NPX群落。生化分析以及基于系统基因组学和全基因组的分类学研究表明，这些菌株代表黄单胞菌属中的两个新物种，证明了柑橘相关NPX群落由多种多样物种组成，其情况与水稻中所描述的类似。与水稻NPX群落一样，这些菌株缺乏典型的III型分泌系统，同时含有多个抗菌物质生物合成基因座，这表明它们在植物微生物组中具有重要作用。因此，应将这类针对NPX群落的系统性研究扩展至其他所有植物。基于此，我们提议将菌株LMG 8992（DSM = 122509^T）归类为一个新物种，即Patel黄单胞菌（Xanthomonas pateli sp. nov.）；并将菌株LMG 8993（DSM = 122444^T）归类为一个新物种，即Hingorani黄单胞菌（Xanthomonas hingoranii sp. nov.）。
Xanthomonas属包含一群在系统发育和生态学上具有高度多样性的细菌，其成员历来以能够侵染多种重要农业作物的经济相关植物病原菌为主。然而，近年来人们在该属中发现了越来越多的非致病性和内生性谱系，从而拓展了对其分类学和生态学广度的认识。尽管过去30年来人们已经了解到非致病性Xanthomonas（non-pathogenic Xanthomonas，NPX）存在于多种植物中，但我们实验室在过去十年对水稻微生物组开展的研究表明，多种多样的NPX物种可作为一个群落与特定植物宿主相关联。在本研究中，我们鉴定出两种新颖的柑橘植物相关NPX物种，并提供了证据表明，与水稻中的情况类似，柑橘中也存在一个由多种多样物种组成的NPX群落。生化分析以及基于系统发育基因组学和全基因组的分类学研究表明，这些菌株代表Xanthomonas属中的两个新物种；这些结果证明，柑橘相关NPX群落由多种多样的物种组成，这与此前在水稻中描述的群落相类似。与水稻NPX群落一样，这些菌株缺乏典型的III型分泌系统，同时具有多个抗菌物质生物合成基因座，这表明它们在植物微生物组中具有重要作用。因此，有必要将此类针对NPX群落的系统性研究拓展至其他所有植物。基于此，我们提议将菌株LMG 8992ᵀ（DSM = 122509T）归类为一个新物种Xanthomonas pateli sp. nov.，并将菌株LMG 8993ᵀ（DSM = 122444T）归类为一个新物种Xanthomonas hingoranii sp. nov.。
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📄 原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.09.16.751628v1?rss=1
🏷️ 黄单胞菌 非致病性细菌 植物微生物组 细菌分类学 系统基因组学 柑橘内生菌