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沙眼衣原体（*Chlamydia trachomatis*）的发育周期需要在具有感染性的网状体（elementary bodies，EBs）与具有复制能力的网状体（reticulate bodies，RBs）之间进行协调转换，但其潜在转录程序的时间组织仍未得到充分解析。我们对感染后0～32小时（hpi）进行了高覆盖度RNA测序，并在感染早期采用高密度时间采样；随后对时间表达谱进行无监督聚类，鉴定出四种协调的转录程序：即刻早期宿主适应与发育程序、RB形成与维持程序、RB增殖与二次分化程序，以及EB形成与侵袭程序。即刻早期程序在感染后1小时达到峰值，其中显著富集了包涵体膜相关基因和细胞内运输相关基因，同时包含发育调控基因 *euo*。RB形成与维持程序在感染后约3小时达到峰值，并在整个发育周期的大部分阶段持续表达，涵盖支持转录、翻译和核心代谢的基因。RB增殖与二次分化程序将DNA复制和细胞分裂基因与替代型σ因子、伙伴转换组分及III型分泌系统装置基因结合在一起，这与增殖过程中为发育转换进行准备的特征相一致。EB形成与侵袭程序则包含与结构成熟、宿主细胞相互作用及感染能力相关的基因。这些发现区分了短暂的宿主适应性表达与持续的早期生物合成表达，明确了RB的建立与群体扩增之间的差异，并将RB向EB转换的调控准备阶段与随后发生的EB成熟过程区分开来。总体而言，这四种程序界定了部分重叠的转录优先级，为研究基因表达如何协调衣原体的生长、分化以及下一轮感染周期的准备提供了一个框架。
一项精细化的发育转录组图谱揭示了沙眼衣原体中的四个协调程序 | bioRxiv
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Huizhou Fan
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https://doi.org/10.64898/2026.09.15.751914
Danny Wan 1 罗格斯大学新泽西州立大学；
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Wurihan Wurihan 2 罗格斯大学罗伯特·伍德·约翰逊医学院；
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Zhao Lai 3 德克萨斯大学健康科学中心圣安东尼奥分校格里希儿童癌症研究所；
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fanhu{at}rwjms.rutgers.edu
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沙眼衣原体的发育周期需要在具有感染性的原体（elementary bodies，EBs）与具有复制能力的网状体（reticulate bodies，RBs）之间进行协调转换，但其潜在转录程序的时间组织仍未得到充分解析。我们对感染后 0 至 32 小时（hours post-infection，hpi）的样本进行了高覆盖度 RNA 测序，并在感染早期采用密集时间点取样；随后利用时间表达谱的无监督聚类，鉴定出四个协调程序：即时早期宿主适应与发育程序、RB 形成与维持程序、RB 增殖与二次分化程序，以及 EB 形成与侵入程序。即时早期程序在感染后 1 小时达到峰值，其中显著富集了包涵体膜相关基因和细胞内运输基因，同时还包括发育调控基因 euo。RB 形成与维持程序在感染后约 3 小时达到峰值，并在整个周期的大部分阶段持续表达，涵盖支持转录、翻译和核心代谢的基因。RB 增殖与二次分化程序将 DNA 复制和细胞分裂基因与替代性 σ 因子、伙伴转换组分以及 III 型分泌装置基因结合在一起，这与增殖过程中为发育进行准备的状态相一致。EB 形成与侵入程序包含与结构成熟、宿主细胞相互作用和感染能力相关的基因。这些发现区分了短暂的宿主适应性表达与持续性的早期生物合成表达，分离了 RB 的建立与群体扩增，并将 RB 向 EB 转换过程中的调控准备与后期 EB 成熟区分开来。总体而言，这四个程序界定了部分重叠的转录优先级，为研究基因表达如何协调衣原体的生长、分化以及下一轮感染周期的准备提供了一个框架。
## 利益冲突声明
## 已声明的资助者信息
美国国立卫生研究院，
https://ror.org/01cwqze88
，AI140167
，AI154305
，AI182210
，CA054174
，S10OD030311
## 版权
本预印本的。
该预印本依据
CC-BY-NC-ND 4.0 国际许可协议
公开发布。
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发布于 2026 年 9 月 17 日。
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一项精细化的发育转录组图谱揭示了沙眼衣原体中的四个协调程序
Danny Wan
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Guangming Zhong
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Huizhou Fan
bioRxiv
2026.09.15.751914；
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https://doi.org/10.64898/2026.09.15.751914
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bioRxiv
2026.09.15.751914；
doi：
https://doi.org/10.64898/2026.09.15.751914
📄 原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.09.15.751914v1?rss=1
🏷️ 沙眼衣原体 发育转录组 转录程序 网状体与原体转换 RNA测序 细菌发育周期