造礁珊瑚表现出广泛的生理和转录可塑性，但染色质水平上对珊瑚基因表达的调控机制仍缺乏充分认识。在本研究中，我们通过对处于环境条件下的成年 *Pocillopora damicornis* 开展染色质免疫共沉淀测序（ChIP-seq），绘制了造礁珊瑚中首套全基因组范围的主要组蛋白修饰图谱。我们分析了两种活性标记——H3K4me3和H3K27ac，以及两种抑制性标记——H3K27me3和H3K9me3，并将这些图谱与RNA测序（RNA-seq）数据整合，以探讨染色质状态与转录产出之间的关系。与其他真核生物一样，H3K4me3和H3K27ac在转录起始位点附近富集，并与基因表达呈正相关；而H3K27me3和H3K9me3则表现出更广泛的富集模式，并与转录呈负相关。根据启动子染色质状态对高表达基因进行分组后发现，具有较强H3K4me3/H3K27ac信号的启动子含有YY1家族基序，并承担核心细胞功能；而另一组基因尽管具有相近的转录本丰度，却缺乏这些活性启动子标记及相应的基序组成，并且富集于细胞表面受体和蛋白水解相关功能。抑制性标记同样能够区分不同的功能性基因组状态：H3K27me3在低表达的受体样基因和发育相关基因类别中富集，而H3K9me3则主要分布于转座元件样位点及广泛的非基因区域。我们进一步鉴定出一批H3K27ac富集、H3K4me3水平较低的候选增强子样元件，这些元件邻近核心启动子，其中许多位于具有转录因子相关功能基因的附近。总之，本研究界定了造礁珊瑚中的基础染色质状态图谱，为验证靶向染色质检测方法提供了资源，并为未来在环境、发育和共生等情境下研究珊瑚基因调控奠定了基础。
全基因组绘制主要组蛋白修饰揭示造礁珊瑚中不同的表观遗传调控状态 | bioRxiv
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Luisa A. Marcelino
doi： https://doi.org/10.64898/2026.09.10.745915
George Warfel 1
西北大学化学与生物工程系；西北大学土木与环境工程系；
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发布于 2026 年 9 月 16 日。
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Luisa A. Marcelino
bioRxiv
2026.09.10.745915；
doi： https://doi.org/10.64898/2026.09.10.745915
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bioRxiv
2026.09.10.745915；
doi： https://doi.org/10.64898/2026.09.10.745915
📄 原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.09.10.745915v1?rss=1
🏷️ 组蛋白修饰 表观遗传调控 染色质状态 ChIP-seq RNA-seq 造礁珊瑚
来源出处
全基因组主要组蛋白修饰图谱揭示造礁珊瑚中不同的表观遗传调控状态
https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.09.10.745915v1?rss=1