将聚糖基序表示为包含序可提高灵敏度并揭示基序的重新分布

聚糖基序是比较糖组学中的标准读出，现有分析流程将其视为彼此独立的特征。在此，我们表明事实并非如此。基序按照子结构包含关系形成偏序，因此，父基序的丰度会主导其每一个子基序。我们将这一顺序明确表示为有向无环图，从而能够正确地对多重检验族进行分层；同时，利用从每个基序的包含邻域中获得的经验贝叶斯方差先验，在控制置换零分布所产生的假阳性后，使45个糖组学数据集中的估计真阳性数量由300个增加至442个（+47%，p = 0.0001）。由于某一父基序的子基序及其残差构成真正的子组成，它们的对数比平衡无需参照框架，也无需尺度模型，并且能够将基序自身的变化与其从上下文中继承的变化区分开来。在337个显著的父基序中，有150个（45%）实际上不携带自身信号；另有138个基序仅在分解分析中发生变化。我们展示了糖组学和糖蛋白组学中的案例研究，包括在8个人类O-糖组中，免疫抑制性二唾液酸化T抗原上的核心1型唾液酸化反复发生重新分配，以及一种局限于分支天线的结直肠岩藻糖基化变化；边际分析均无法报告出这两种现象。

聚糖基序是比较糖组学的标准读出指标，而现有分析流程将其视为相互独立的特征。在此，我们表明事实并非如此。基序依据子结构包含关系构成部分序，因而父基序的丰度会支配其每一个子基序。我们将这一序关系明确表示为有向无环图，从而能够正确分层多重检验家族；同时，利用从每个基序的包含邻域中获得的经验贝叶斯方差先验，在控制置换零分布假阳性的条件下，使45个糖组学数据集中的估计真阳性数从300提高至442（+47%，p = 0.0001）。由于父基序的子基序及其残差构成真正的子组成，它们的对数比平衡无需参考框架，也无需尺度模型，并且能够将基序自身的变化与其所处语境所继承的变化区分开来。在337个显著的父基序中，有150个（45%）并不携带自身信号，而有138个基序仅在分解分析中发生变化。我们 प्रस्तुत了糖组学和糖蛋白组学的案例研究，其中包括：在8个人类O-糖组中，免疫抑制性双唾液酸-T抗原处核心1型唾液酸化反复发生的重新分配；以及局限于天线结构的结直肠岩藻糖基化变化。这两种现象均无法通过任何边际分析得到报告。

📄 原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.09.10.750563v1?rss=1

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