点突变和复杂变异影响异质性群体大鼠的基因表达及成瘾相关行为

尽管包括单核苷酸多态性（SNP）、小片段插入/缺失、短串联重复序列和结构变异在内的多种变异类型推动了个体遗传差异，但它们对基因表达和复杂性状的影响仍不明确。我们结合短读长和长读长测序，在异质性群体（Heterogeneous Stock，HS）大鼠中构建了全面的遗传变异目录，并在五个脑区开展了联合顺式表达数量性状位点（cis-eQTL）定位。我们发现，非SNP变异占主要调控关联的50%以上，其中许多变异通过连锁不平衡（LD）无法被邻近SNP充分标记。联合分析与仅基于SNP的分析结果比较显示，共享eQTL基因中有超过46%具有非SNP主导顺式eQTL，且其中不足一半与相应的主导表达SNP（eSNP）处于强LD状态。将联合顺式eQTL与复杂性状关联相联系后，我们识别出仅基于SNP的方法所遗漏的作用机制，凸显了在遗传学研究中纳入多种变异类型的重要性，并为HS大鼠研究群体提供了基础性资源。

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## 摘要

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## 摘要

尽管包括单核苷酸多态性（SNP）、小型插入/缺失、短串联重复序列和结构变异在内的各种变异驱动着个体间的遗传差异，但这些变异对基因表达和复杂性状的影响仍不明确。我们采用短读长和长读长测序，在异质性群体（HS）大鼠中构建了全面的变异目录，并在五个脑区开展了联合顺式表达数量性状位点（cis-eQTL）定位。我们发现，非SNP变异占主要调控关联的50%以上，其中许多变异无法通过连锁不平衡（LD）被邻近SNP充分标记。联合分析与仅基于SNP的分析结果比较显示，在两种分析中共有的eQTL基因中，超过46%具有非SNP主导顺式eQTL，且不足一半的此类基因与相应的主导表达SNP（eSNP）处于强LD状态。将联合顺式eQTL与复杂性状关联相联系，发现了仅基于SNP的方法所遗漏的作用机制，凸显了在遗传学研究中纳入多种变异类型的重要性，并为HS大鼠研究群体提供了基础性资源。

## 利益冲突声明

## 资助者信息声明

美国国立卫生研究院， https://ror.org/01cwqze88，P30DA060810， U01DA051234， P50DA037844， F31DA063333

## 版权

本预印本的。

本文依据 CC-BY-NC-ND 4.0 国际许可协议 公开发布。

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发布于2026年9月16日。

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bioRxiv 2026.09.10.750683； doi： https://doi.org/10.64898/2026.09.10.750683

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bioRxiv 2026.09.10.750683； doi： https://doi.org/10.64898/2026.09.10.750683

📄 原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.09.10.750683v1?rss=1

🏷️ 遗传变异 复杂变异 顺式表达数量性状位点 基因表达调控 异质性群体大鼠 成瘾相关行为