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我们分析了三种人类肌腱转录组学背景下预先定义的五个程序：急性运动相关成纤维细胞伪批次数据（E-MTAB-15400；4个对照样本和4个运动样本）、机械牵伸的供体来源细胞（GSE150482；3名正常供体和3名肌腱病供体），以及配对的病变肌腱与肉眼外观正常肌腱（GSE26051；23对供体配对样本）。推断分别在样本、供体或供体配对层面进行。未刺激的GSE150482单细胞RNA测序仅包括N1和D1，而牵伸条件下的单细胞RNA测序包括N1至N3和D1至D3；此外，两种条件分别采用了Drop-seq和10X Chromium技术。因此，无法估计由供体重复支持的疾病与刺激交互作用。情境内的Benjamini-Hochberg校正支持急性机械反应、细胞外基质（ECM）和蛋白质折叠差异，以及配对病变中的胶原蛋白、整合素和ECM差异，但未支持牵伸条件下的供体背景差异。精确标签置换、保守的全局15项检验校正、逐一排除单个分析单位、Fib1至Fib4合并敏感性分析，以及配对精确Wilcoxon敏感性分析进一步限定了这些发现的解释范围。整合素完全嵌套于ECM之中，而胶原蛋白与ECM有52个基因重叠（共79个基因）。在三个并不等价的对比中，胶原纤维组织呈现出方向一致性最高的基质相关模式，但这并不能证明存在疾病特异性的负荷反应或因果机制。该分析表明，公共肌腱数据集必须依据估计目标和生物学推断单位进行整合，而不能将其作为可相互替代的重复样本简单合并。
预设基因集信号在人体肌腱转录组数据集中的估计目标感知与供体感知三角验证 | bioRxiv
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预设基因集信号在人体肌腱转录组数据集中的估计目标感知与供体感知三角验证
Yushuo Liu 、 Zitao Wang 、 Qiuyuan Peng 、 Yang Li 、 Bingao Chen
doi： https://doi.org/10.64898/2026.09.11.750964
Yushuo Liu 云南师范大学 在 Google Scholar 中查找该作者 在 PubMed 中查找该作者 在本网站搜索该作者
通讯作者： liuyushuobtd666{at}gmail.com
Zitao Wang 云南师范大学 在 Google Scholar 中查找该作者 在 PubMed 中查找该作者 在本网站搜索该作者
Qiuyuan Peng 云南师范大学 在 Google Scholar 中查找该作者 在 PubMed 中查找该作者 在本网站搜索该作者
Yang Li 云南师范大学 在 Google Scholar 中查找该作者 在 PubMed 中查找该作者 在本网站搜索该作者
Bingao Chen 云南师范大学 在 Google Scholar 中查找该作者 在 PubMed 中查找该作者 在本网站搜索该作者
摘要
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摘要
我们在三种人体肌腱转录组学背景下分析了五个预先设定的生物学程序：急性运动相关的成纤维细胞伪批次数据（E-MTAB-15400；4 个对照样本和 4 个运动样本）、机械牵拉的供体来源细胞（GSE150482；3 名正常供体和 3 名肌腱病供体），以及配对的病变肌腱与肉眼外观正常的肌腱（GSE26051；23 对供体配对样本）。推断分别在样本、供体或供体配对层面进行。未刺激的 GSE150482 单细胞 RNA 测序仅包括 N1 和 D1，而牵拉条件下的单细胞 RNA 测序包括 N1-N3 和 D1-D3；此外，两种条件分别采用了 Drop-seq 和 10X Chromium 技术。因此，无法估计由供体重复支持的疾病×刺激交互作用。研究背景内的 Benjamini-Hochberg 校正支持急性机械反应、细胞外基质（ECM）和蛋白质折叠方面的差异，以及配对病变比较中的胶原蛋白、整合素和 ECM 差异，但未发现牵拉条件下的供体背景差异。精确标签置换、保守的全局 15 项检验校正、逐一排除单个分析单位、Fib1-Fib4 合并敏感性分析，以及配对精确 Wilcoxon 敏感性分析，对这些发现进行了限定和检验。整合素基因集完全嵌套于 ECM 基因集之中，而胶原蛋白基因集与 ECM 基因集有 52/79 个基因重叠。胶原纤维组织在三个并不等价的对比中表现出方向最为一致的基质相关模式，但这并不能证明存在疾病特异性的负荷反应或因果机制。本分析表明，公共肌腱数据集必须依据估计目标和生物学推断单位进行整合，而不能将其作为可相互替代的重复数据进行合并。
利益冲突声明
脚注
https://www.ebi.ac.uk/biostudies/arrayexpress/studies/E-MTAB-15400
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE150482
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE26051
版权
本预印本的。
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发布于 2026 年 9 月 16 日。
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预设基因集信号在人体肌腱转录组数据集中的估计目标感知与供体感知三角验证
Yushuo Liu 、 Zitao Wang 、 Qiuyuan Peng 、 Yang Li 、 Bingao Chen
bioRxiv 2026.09.11.750964； doi： https://doi.org/10.64898/2026.09.11.750964
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预设基因集信号在人体肌腱转录组数据集中的估计目标感知与供体感知三角验证
Yushuo Liu 、 Zitao Wang 、 Qiuyuan Peng 、 Yang Li 、 Bingao Chen
bioRxiv 2026.09.11.750964； doi： https://doi.org/10.64898/2026.09.11.750964
📄 原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.09.11.750964v1?rss=1
🏷️ 肌腱转录组学 基因集分析 供体效应 细胞外基质 敏感性分析 多数据集整合