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早期生活环境和亲本背景能够塑造免疫表型，但这些差异是否会在感染期间持续存在并影响免疫应答，仍不清楚。我们采用单细胞RNA测序，对三种来源的褐鳟（Salmo trutta）肾脏免疫应答进行了表征；这三种来源在亲本经历和早期饲养条件上存在差异：野生亲本、子代在野外饲养；野生亲本、子代在孵化场饲养；以及孵化场亲本、子代在孵化场饲养。所有鱼均来源于同一条河流，且未检测到遗传群体结构差异。鱼类暴露于Tetracapsuloides bryosalmonae——增生性肾病的病原体——并于25天后进行分析，同时设置未暴露对照组。在18个scRNA-seq数据集中，我们鉴定出30个细胞簇，并发现静息免疫系统中存在明显的发育史和亲本史转录印记。在未暴露鱼中，来源与显著的基因表达差异相关，尤其是在B细胞中。随后，当鱼暴露于病原体并形成亚临床感染时，免疫细胞组成和转录状态均发生了显著变化：T细胞的相对丰度增加，而B细胞、中性粒细胞和增殖性祖细胞表现出最强的转录响应，这与一种活跃但受控的亚临床免疫应答相一致。值得注意的是，感染前存在的显著来源依赖性差异在感染后大多消失。来自三种背景的鱼均趋向于形成共同的转录响应，而与来源相关的基因与感染应答基因之间几乎没有重叠。因此，在体内单细胞分辨率下，我们发现不同环境和亲本背景之间存在由感染诱导的转录趋同现象。我们的研究结果表明，显著的基线免疫变异可以在静息状态下持续存在，但会被病原体暴露所覆盖，使不同的免疫状态趋向于一种共同的应答模式。
早期生活环境和亲本背景能够塑造免疫表型，但这些差异是否会在感染过程中持续存在并影响免疫应答，仍不清楚。我们采用单细胞RNA测序，对来自三种不同来源的褐鳟（Salmo trutta）肾脏免疫应答进行了表征，这三种来源在亲本经历和早期饲养环境方面存在差异：野生亲本、子代在野外饲养；野生亲本、子代在孵化场饲养；以及孵化场亲本、子代在孵化场饲养。所有鱼均源自同一条河流，且未检测到遗传群体结构差异。鱼类暴露于Tetracapsuloides bryosalmonae——增生性肾病的病原体——并于25天后进行分析，同时设置未暴露对照组。
在18个scRNA-seq数据集中，我们鉴定出30个细胞簇，并发现静息状态下的免疫系统存在明显的发育史和亲本史转录印记。在未暴露鱼中，来源与显著的基因表达差异相关，其中B细胞的差异尤为突出。当鱼随后暴露于病原体并形成亚临床感染时，免疫细胞组成和转录状态均发生了显著变化：T细胞的相对丰度增加，而B细胞、中性粒细胞和增殖性祖细胞表现出最强烈的转录反应，这与一种活跃但受控的亚临床免疫应答相一致。值得注意的是，感染前存在的显著来源依赖性差异在感染后基本消失。来自三种背景的鱼均趋于形成共同的转录应答，而与来源相关的基因与感染应答基因之间仅有很少的重叠。因此，在体内单细胞分辨率下，我们发现不同环境和亲本背景之间存在由感染诱导的转录趋同。我们的研究表明，显著的基线免疫变异可以在静息状态下持续存在，但病原体暴露能够覆盖这些差异，将不同的免疫状态约束至一种共同的应答模式。
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📄 原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.09.11.750927v1?rss=1
🏷️ 早期生活史 亲本效应 棕鳟免疫 单细胞RNA测序 基础免疫表型 病原体诱导免疫应答