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手动进行临床 DNA 变异分类是每一项临床和研究性罕见病工作流程中的瓶颈。该过程通常要求人工整理员从众多数据库中汇总证据，权衡 28 项标准，协调相互竞争的证据，并为最终分类给出具有充分依据的论证。此外，用于评估变异的框架并非静态不变，后续发布的增补内容不断修订其中的个别标准。目前可获得的最完整、最新的证据整合平台多为商业平台，这可能限制研究人员的使用。我们提出了 HeartVar，这是一种开源网络工具，可自动完成与心血管疾病相关的变异分类中的证据收集和解释步骤。给定基因、变异及临床背景后，HeartVar 可并行查询 20 个公共数据库，并通过基于规则与大型语言模型（LLM）的混合方法分配 ACMG/AMP 标准。能够从结构化数据中判定的标准由程序自动计算；只有需要解释非结构化证据的标准才会被提交给 LLM。HeartVar 可返回分类结果、评分、逐项标准细分、临床叙述摘要以及数据库注释。对 106 个由专家整理的 ClinGen 变异进行基准测试显示，HeartVar 的表现优于其他整理工具，在 72% 的病例中给出了正确的 ACMG 分级。HeartVar 表明，在领域特异性提示词约束并以结构化证据为基础的条件下，LLM 能够针对心血管疾病队列生成达到初步审查质量的变异解读；然而，该工具并非用于替代具备资质的变异整理员进行人工评估。该工具可免费使用，托管于 www.heartvar.victorchang.edu.au。
HeartVar：一种借助大语言模型对心血管疾病队列中的变异进行临床分类的工具 | bioRxiv
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# HeartVar：一种借助大语言模型对心血管疾病队列中的变异进行临床分类的工具
查看 ORCID 主页 Jamie-Lee Thompson ， Debjani Das ， 查看 ORCID 主页 Sally L Dunwoodie ， 查看 ORCID 主页 Eleni Giannoulatou
doi： https://doi.org/10.64898/2026.09.10.750569
Jamie-Lee Thompson Victor Chang 心脏研究所 在 Google Scholar 中查找该作者 在 PubMed 中查找该作者 在本网站中搜索该作者 Jamie-Lee Thompson 的 ORCID 记录
Debjani Das Victor Chang 心脏研究所 在 Google Scholar 中查找该作者 在 PubMed 中查找该作者 在本网站中搜索该作者
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Eleni Giannoulatou Victor Chang 心脏研究所 在 Google Scholar 中查找该作者 在 PubMed 中查找该作者 在本网站中搜索该作者 Eleni Giannoulatou 的 ORCID 记录
通讯作者： e.giannoulatou{at}victorchang.edu.au
## 摘要
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## 摘要
人工进行临床 DNA 变异分类是每一项临床和研究性罕见病工作流程中的瓶颈。该过程通常要求变异审查人员从众多数据库中汇总证据，权衡 28 项标准，协调相互竞争的证据，并为最终分类提出具有充分依据的论证。此外，用于评估变异的框架并非一成不变，后续发布的增补文件也会对个别标准进行修订。目前最完整且最新的证据聚合平台多为商业平台，这可能限制研究人员的使用。我们提出了 HeartVar，这是一种开源网络工具，可自动化完成与心血管疾病相关的变异分类中的证据收集和解读步骤。给定基因、变异及临床背景后，HeartVar 可并行查询 20 个公共数据库，并通过基于规则与大语言模型（LLM）的混合方法分配 ACMG/AMP 标准。能够从结构化数据中确定的标准由程序自动计算；只有需要解读非结构化证据的标准才会提交给大语言模型。HeartVar 可返回分类结果、积分、逐项标准分析、临床叙述摘要以及数据库注释。对 106 个由专家整理的 ClinGen 变异进行基准测试显示，HeartVar 的表现优于其他变异整理工具，在 72% 的病例中分配出了正确的 ACMG 分级。HeartVar 表明，在领域特异性提示词约束并以结构化证据为基础的条件下，大语言模型能够为心血管疾病队列生成具有初步分析质量的变异解读；但该工具并非旨在取代具备资质的变异审查人员进行人工评估。该工具可免费使用，托管于 www.heartvar.victorchang.edu.au。
## 利益冲突声明
## 脚注
https://www.heartvar.victorchang.edu.au/
## 资助者信息声明
NHMRC ，2018360 ，2007896
## 版权
本预印本的。
该文依据 CC-BY-NC 4.0 国际许可协议 开放发布。
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发布于 2026 年 9 月 15 日。
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Jamie-Lee Thompson ， Debjani Das ， Sally L Dunwoodie ， Eleni Giannoulatou
bioRxiv 2026.09.10.750569； doi： https://doi.org/10.64898/2026.09.10.750569
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# HeartVar：一种借助大语言模型对心血管疾病队列中的变异进行临床分类的工具
Jamie-Lee Thompson ， Debjani Das ， Sally L Dunwoodie ， Eleni Giannoulatou
bioRxiv 2026.09.10.750569； doi： https://doi.org/10.64898/2026.09.10.750569
📄 原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.09.10.750569v1?rss=1
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