肺腺癌中一种与氧化应激相关的七基因预后特征:跨公共队列的整合转录组学分析

root 提交于 周三, 09/16/2026 - 06:47
肺腺癌具有分子异质性,氧化应激相关程序可根据细胞环境的不同发挥肿瘤抑制或肿瘤适应作用。本研究整合公共肺腺癌转录组队列,以识别氧化应激相关表达特征并评估其预后相关性。研究分析了癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)、基因型-组织表达(Genotype-Tissue Expression,GTEx)项目以及GEO系列GSE31210、GSE40791和GSE30219的表达谱。研究结合差异表达分析、加权基因共表达网络分析、功能富集分析、单因素Cox回归分析及最小绝对收缩与选择算子(least absolute shrinkage and selection operator,LASSO)Cox建模,构建风险特征。采用免疫细胞富集分析、基因集富集分析、基因集变异分析及泛癌分析进行生物学特征表征。肿瘤样本与对照样本之间共有1,305个基因存在差异表达,其中498个基因上调、807个基因下调。差异表达基因、氧化应激相关共表达模块与氧化应激基因集的交集包含44个基因,这些基因主要富集于活性氧和过氧化氢反应、抗氧化及过氧化物酶活性、黏着斑、Rap1信号通路和PI3K-Akt信号通路。由FBLN5、HBB、FYN、HGF、TFAP2A、PLIN5和F2RL1组成的七基因特征,将包含523例样本的训练队列和包含207例样本的内部验证队列分别分为总体生存不同的组。在训练队列中,1年、3年和5年时间依赖性受试者工作特征曲线下面积分别为0.677、0.622和0.649;在内部验证队列中分别为0.613、0.691和0.706。在包含85例病例的GSE30219外部队列中,相应数值分别为0.588、0.661和0.631;生存曲线分离方向符合预期,但未达到统计学显著性(log-rank P = 0.100)。不同风险组之间有17种免疫细胞特征存在差异,而高风险肿瘤则富集于细胞周期、DNA复制、错配修复、糖酵解、E2F、G2/M检查点、MYC靶基因及mTORC1相关程序。因此,该特征能够捕捉具有可重复性的氧化应激相关转录变异,并表现出中等程度的预后判别能力。其临床应用价值仍需通过前瞻性评估、完整的临床因素校正及实验验证加以确证。

肺腺癌具有分子异质性,而氧化应激相关程序根据细胞背景的不同,既可抑制肿瘤,也可支持肿瘤适应。本研究整合公共肺腺癌转录组队列,以识别氧化应激相关表达特征并评估其预后相关性。研究分析了癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)、基因型-组织表达(Genotype-Tissue Expression,GTEx)项目,以及GEO系列GSE31210、GSE40791和GSE30219的表达谱。研究结合差异表达分析、加权基因共表达网络分析、功能富集分析、单因素Cox回归和最小绝对收缩与选择算子(least absolute shrinkage and selection operator,LASSO)Cox建模,构建风险特征。采用免疫细胞富集分析、基因集富集分析、基因集变异分析及泛癌分析进行生物学特征解析。肿瘤样本与对照样本之间共有1,305个基因存在差异表达,其中498个基因上调、807个基因下调。差异表达基因、氧化应激相关共表达模块及氧化应激基因集的交集包含44个基因,这些基因主要富集于活性氧和过氧化氢反应、抗氧化活性和过氧化物酶活性、黏着斑、Rap1信号通路及PI3K-Akt信号通路。由FBLN5、HBB、FYN、HGF、TFAP2A、PLIN5和F2RL1组成的七基因特征,将包含523例样本的训练队列和包含207例样本的内部验证队列分为总体生存不同的组别。训练队列中,1年、3年和5年的时间依赖性受试者工作特征曲线下面积分别为0.677、0.622和0.649;内部验证队列中分别为0.613、0.691和0.706。在包含85例病例的GSE30219外部队列中,相应数值分别为0.588、0.661和0.631;生存差异呈预期方向,但未达到统计学显著性(log-rank P = 0.100)。不同风险组之间有17种免疫细胞特征存在差异,而高风险肿瘤中细胞周期、DNA复制、错配修复、糖酵解、E2F、G2M检查点、MYC靶基因及mTORC1相关程序富集。因此,该特征能够捕获具有可重复性的氧化应激相关转录变异,并表现出中等程度的预后区分能力。其临床应用价值仍需通过前瞻性评估、完整的临床因素校正及实验验证加以确定。

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