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增强子整合序列特异性转录因子（TF）的组合输入，其活性必须经过精确调节，以实现对转录本剂量的时空控制。在此，我们证明，序列特异性阻遏因子 SNAI1 和 SNAI2（即 SNAIL 和 SLUG）能够定量调节增强子活性。在人神经嵴细胞中，SNAI1/2 占据一部分活性增强子；耗竭 SNAI1/2 会增加 H3K27ac 水平、染色质可及性以及增强子的调控潜能。SNAI1/2 结合基序的变化促成了人类与黑猩猩之间的增强子分化，提示阻遏因子介导的调节具有进化作用。利用脱氨酶辅助的 Fiber-seq（Deaminase-Assisted Fiber-seq，DAF-seq）进行单分子染色质分析显示，单个增强子可在由开放染色质状态和核小体密集型染色质状态组成的一组状态之间切换。转录激活因子增加开放状态所占的比例，而 SNAI1/2 则将这一平衡推向核小体占据状态。这会阻碍激活型 TF 的结合，但不会完全抑制增强子。我们提出，SNAI1/2 充当一种分子调光开关，通过调节核小体动力学来校准增强子的输出。
wysocka{at}stanford.edu
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摘要
增强子整合来自序列特异性转录因子（TF）的组合输入，其活性必须经过校准，以实现对转录本剂量的精确时空控制。在此，我们证明序列特异性抑制因子 SNAI1 和 SNAI2（即 SNAIL 和 SLUG）能够定量调节增强子活性。在人类神经嵴细胞中，SNAI1/2 占据一部分活性增强子；耗竭这些因子会增加 H3K27ac 水平、染色质可及性以及增强子的调控潜能。SNAI1/2 结合基序的变化促成了人类与黑猩猩之间的增强子分化，这表明由抑制因子介导的调节可能具有进化作用。利用脱氨酶辅助的 Fiber-seq（Deaminase-Assisted Fiber-seq，DAF-seq）进行的单分子染色质分析显示，单个增强子可在一组开放状态与核小体密集状态之间进行切换。转录激活因子会提高开放状态所占的比例，而 SNAI1/2 则将平衡推向核小体占据状态。这会阻碍激活性 TF 的结合，但不会完全抑制增强子。我们提出，SNAI1/2 充当一种分子调光开关，通过调节核小体动态来校准增强子输出。
利益冲突声明
A.B.S. 拥有与 Fiber-seq 和 DAF-seq 方法相关的专利。所有其他已声明的资助方信息
霍华德·休斯医学研究所，
https://ror.org/006w34k90
Nomis 基金会，
https://ror.org/01zkd3118
NIH 共同基金，
https://ror.org/001d55x84
，R35 GM131757
，1DP5OD029630
，1U01HG013744
加州再生医学研究所
Damon Runyon 癌症研究基金会，
https://ror.org/01gd7b947
，DRG 2505-23
Propel 博士后学者项目
Burroughs Wellcome 基金
皮尤研究中心
版权
本预印本的，允许其展示该预印本。
该文根据
CC-BY 4.0 国际许可
公开发布。
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发布于 2026 年 9 月 14 日。
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序列特异性抑制因子对增强子的调节
Lucia
Ichino
，
Kaelan J
Brennan
，
Benjamin J
Mallory
，
Tomek
Swigut
，
Stephanie C
Bohaczuk
，
Jaaved
Mohammed
，
Devaraja G
Mudeppa
，
Saman
Tabatabaee
，
Chunyang
Ni
，
Andrew B
Stergachis
，
Joanna
Wysocka
bioRxiv
2026.09.11.751074；
doi：
https://doi.org/10.64898/2026.09.11.751074
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序列特异性抑制因子对增强子的调节
Lucia
Ichino
，
Kaelan J
Brennan
，
Benjamin J
Mallory
，
Tomek
Swigut
，
Stephanie C
Bohaczuk
，
Jaaved
Mohammed
，
Devaraja G
Mudeppa
，
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Tabatabaee
，
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Ni
，
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bioRxiv
2026.09.11.751074；
doi：
https://doi.org/10.64898/2026.09.11.751074
📄 原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.09.11.751074v1?rss=1
🏷️ 增强子调控 序列特异性转录因子 SNAI1/SNAI2 染色质可及性 核小体动力学 神经嵴细胞
来源出处
通过序列特异性阻遏因子调节增强子
https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.09.11.751074v1?rss=1