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蛋白质功能受到细胞环境的塑造，然而，大多数蛋白质表征和相互作用图谱仍未考虑具体的细胞环境。在此，我们提出 ProtScape，这是一种多尺度图学习框架，整合了全局蛋白质相互作用、细胞类型特异性基因表达数据以及蛋白质语言模型，用于学习特定细胞环境下的蛋白质表征，并推断涵盖 200 多种细胞类型的相互作用组。ProtScape 在相互作用重建任务中的表现显著优于现有方法，使精确率–召回率曲线下面积提高了 40 个百分点。其预测的相互作用得到了留出的、连续型 STRING 全局证据的支持，同时，其学习到的表征还重现了更高阶的蛋白质组织结构。在患者来源的肌萎缩侧索硬化症运动神经元中，ProtScape 揭示了具有阶段特异性的网络变化，提示依赖 RAB 的运输过程可能是疾病早期机制。在帕金森病研究中，ProtScape 从一个规模仅为竞争性表征所需搜索空间十六分之一的全蛋白质组搜索空间中，找回了具有临床支持的治疗靶点。综上，ProtScape 提供了一个可扩展的框架，可将特定细胞环境下的相互作用组组织结构转化为能够通过实验验证的疾病机制和治疗假说。
解析情境特异性蛋白质—蛋白质互作组，以促进生物学发现和治疗靶点优先级排序｜bioRxiv
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解析情境特异性蛋白质—蛋白质互作组，以促进生物学发现和治疗靶点优先级排序
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Alois Thomas， Lisa Fournier， Vincent Jung， Rickie Patani， Pascal Frossard， Raphaelle Luisier， Cedric Vincent-Cuaz
doi： https://doi.org/10.64898/2026.09.08.750135
Alois Thomas¹ 伯尔尼大学，生物医学研究系； 在 Google Scholar 中查找该作者 在 PubMed 中查找该作者 在持有人为作者／资助方，其已授予 bioRxiv 永久展示该预印本的许可。
本内容依据 CC-BY 4.0 国际许可协议 提供。
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发布于 2026 年 9 月 14 日。
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Alois Thomas， Lisa Fournier， Vincent Jung， Rickie Patani， Pascal Frossard， Raphaelle Luisier， Cedric Vincent-Cuaz
bioRxiv 2026.09.08.750135； doi： https://doi.org/10.64898/2026.09.08.750135
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Alois Thomas， Lisa Fournier， Vincent Jung， Rickie Patani， Pascal Frossard， Raphaelle Luisier， Cedric Vincent-Cuaz
bioRxiv 2026.09.08.750135； doi： https://doi.org/10.64898/2026.09.08.750135
📄 原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.09.08.750135v1?rss=1
🏷️ 蛋白质互作组 图学习 细胞类型特异性网络 蛋白质语言模型 疾病机制 治疗靶点优先级排序