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目的：视神经损伤后，视网膜神经节细胞（RGC）死亡由参与细胞凋亡、神经炎症及其他受调控细胞死亡通路的转录程序所驱动；然而，启动这些过程的早期转录组变化仍缺乏明确界定。本研究采用去除核糖体RNA（rRNA）的总RNA测序，表征小鼠视网膜在视神经挫伤（ONC）和硅油诱导的眼高压（SOHU）后、显著RGC丢失发生之前，蛋白编码基因、长链非编码RNA（lncRNA）及可变剪接事件的早期变化。 方法：分别于ONC后6小时和SOHU诱导后5天采集全视网膜组织。采用总RNA测序鉴定差异表达的蛋白编码基因和归类为lncRNA的转录本，随后开展功能富集分析、lncRNA相关通路分析、可变剪接分析，并通过荧光原位杂交（FISH）进行验证。 结果：在SOHU视网膜中，有数百个蛋白编码基因和归类为lncRNA的转录本发生差异表达，且富集于免疫激活、细胞外基质重塑、补体、吞噬信号传导以及线粒体能量代谢通路抑制等过程。类似地，在ONC视网膜中，许多蛋白编码基因和归类为lncRNA的转录本发生差异表达，并表现出以趋化因子和细胞因子为主导的显著炎症反应。FISH验证支持Prss56和Lif在损伤相关条件下上调。两种损伤模型均表现出显著的转录本水平变化，并检测到广泛的可变剪接改变。 结论：在显著RGC丢失发生之前，早期视神经损伤即可迅速诱导涉及蛋白编码基因、lncRNA及转录本异构体调控的转录变化。这些发现揭示了视网膜损伤后编码RNA和非编码RNA图谱的早期改变，并为今后在RGC变性和神经保护研究中验证候选基因及通路提供了有价值的资源。
全RNA测序揭示创伤性和青光眼性视神经损伤后的早期编码、非编码及异构体水平转录组变化 | bioRxiv
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全RNA测序揭示创伤性和青光眼性视神经损伤后的早期编码、非编码及异构体水平转录组变化
Noah C Mathew ， Kevin K Park
doi： https://doi.org/10.64898/2026.09.08.750121
Noah C Mathew
德克萨斯大学西南医学中心
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Kevin K Park
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通讯作者：
kyung.park{at}utsouthwestern.edu
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目的：视神经损伤后视网膜神经节细胞（RGC）的死亡由参与细胞凋亡、神经炎症及其他受调控细胞死亡途径的转录程序所驱动；然而，启动这些过程的早期转录组变化仍缺乏明确界定。我们采用去除核糖体RNA（rRNA）的全RNA测序，在RGC大量丢失之前，对视神经挫伤（ONC）和硅油诱导的眼高压（SOHU）小鼠视网膜中蛋白编码基因、长链非编码RNA（lncRNA）以及可变剪接事件的早期变化进行了表征。
方法：分别在ONC后6小时和SOHU诱导后5天采集完整视网膜。利用全RNA测序鉴定差异表达的蛋白编码基因和归类为lncRNA的转录本，随后开展功能富集分析、lncRNA相关通路分析、可变剪接分析以及荧光原位杂交（FISH）验证。
结果：在SOHU视网膜中，数百个蛋白编码基因和归类为lncRNA的转录本呈差异表达，并富集于免疫激活、细胞外基质重塑、补体、吞噬信号以及线粒体能量代谢通路抑制等过程。类似地，在ONC视网膜中，许多蛋白编码基因和归类为lncRNA的转录本呈差异表达，其中以趋化因子和细胞因子占主导的炎症反应尤为突出。FISH验证支持Prss56和Lif在损伤后上调。两种损伤模型均表现出显著的转录本水平变化，并检测到广泛的可变剪接改变。
结论：在RGC大量丢失之前，早期视神经损伤即可诱导涉及蛋白编码基因、lncRNA及转录本异构体调控的快速转录变化。这些发现突出了视网膜损伤后编码RNA和非编码RNA图谱的早期改变，并为未来在RGC变性和神经保护研究中开展验证提供了候选基因和通路的重要资源。
利益冲突声明
已声明的资助信息
美国国立卫生研究院（NIH）
R01EY032542
R01EY034531
P30EY030413
版权
本预印本的。
保留所有权利。未经许可不得重复使用。
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发布于2026年9月14日。
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Noah C Mathew ， Kevin K Park
bioRxiv
2026.09.08.750121；
doi：
https://doi.org/10.64898/2026.09.08.750121
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全RNA测序揭示创伤性和青光眼性视神经损伤后的早期编码、非编码及异构体水平转录组变化
Noah C Mathew ， Kevin K Park
bioRxiv
2026.09.08.750121；
doi：
https://doi.org/10.64898/2026.09.08.750121
📄 原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.09.08.750121v1?rss=1
🏷️ 视神经损伤 总RNA测序 长链非编码RNA 可变剪接 视网膜神经节细胞 神经炎症